Nucleic Acids at University Of Tromsø | Flashcards & Summaries

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Lernmaterialien für Nucleic Acids an der University of Tromsø

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TESTE DEIN WISSEN

a) Draw the two nucleobase pairs present in DNA and b) use this drawing to show how the sequence of a DNA duplex can be read without opening the duplex through the major and minor grooves.


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Draw the complete chemical structure of the oligonucleotide pTGCAp, using dash/
wedge notation to indicate stereochemistry.

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Hallohallo

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Draw a Watson–Crick base pair between adenine and a thymidine with an R group at
the 5-position of the base. In which groove of DNA, major or minor, does the R group
reside?

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dididi

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What are the 2 main factors that contribute to structural stability of DNA?

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TESTE DEIN WISSEN

Hydrogen bonds between bp and π stacking of aromatic rings.

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Why are there differences in directionality between chemical and biological DNA synthesis?

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Biol: 5' ->3' 

Pyrophosphate as leaving group is the driving force

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Explain NGS Next gen sequencing

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Kommt noch

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PCR reaction mix

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  • Die Original-DNA, die den zu vervielfältigenden Abschnitt enthält (Template)
  • Zwei Primer, um auf den beiden Einzelsträngen der DNA jeweils den Startpunkt der DNA-Synthese festzulegen, wodurch der zu vervielfältigende Bereich von beiden Seiten begrenzt wird
  • DNA-Polymerase, die bei hohen Temperaturen nicht zerstört wird, um den festgelegten Abschnitt zu replizieren (kopieren) (z. B. Taq-Polymerase)
  • Desoxyribonukleosidtriphosphate, die Bausteine für den von der DNA-Polymerase synthetisierten DNA-Strang
  • Mg2+ -Ionen, für die Funktion der Polymerase essentiell, stabilisieren die Anlagerung der Primer und bilden lösliche Komplexe mit den Desoxyribonucleosidtriphosphaten
  • Pufferlösungen, die eine für die DNA-Polymerase geeignete chemische Umgebung sicherstellen
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Explain Gene-Synthesis.

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Many thousands of oligos on one chip, i don't really get it

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What is the antisense approach?

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antisense Oligonucleotides bind to mRNA. RNase H is recruited and cleaves the mRNA target. The antisense Oligo can bind a new target and the 'cycle' is repeated.

The result is inhibition of Translation and/or mRNA function.


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Explain what Grove-reading is and How it works.

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TESTE DEIN WISSEN

Reading of the DNA by Transcription factors+ polymerases. Specificity is caused by Sequence-recognition by the transcription factors: Bind the major-groove.

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TESTE DEIN WISSEN

What is triplex Binding? Where is it involved?

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Recognition of DNA

Hoogsteen base pairing (vs Watson crick bp) can lead to triple stranded DNA by selective binding of SS-oligos to  major groove of ds DNA.

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Why are ribonucleosides more stable in acidic conditions than 2’-deoxy ribonucleosides?

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Q:

a) Draw the two nucleobase pairs present in DNA and b) use this drawing to show how the sequence of a DNA duplex can be read without opening the duplex through the major and minor grooves.


A:

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Q:

Draw the complete chemical structure of the oligonucleotide pTGCAp, using dash/
wedge notation to indicate stereochemistry.

A:

Hallohallo

Q:

Draw a Watson–Crick base pair between adenine and a thymidine with an R group at
the 5-position of the base. In which groove of DNA, major or minor, does the R group
reside?

A:

dididi

Q:

What are the 2 main factors that contribute to structural stability of DNA?

A:

Hydrogen bonds between bp and π stacking of aromatic rings.

Q:

Why are there differences in directionality between chemical and biological DNA synthesis?

A:

Biol: 5' ->3' 

Pyrophosphate as leaving group is the driving force

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Q:

Explain NGS Next gen sequencing

A:

Kommt noch

Q:

PCR reaction mix

A:
  • Die Original-DNA, die den zu vervielfältigenden Abschnitt enthält (Template)
  • Zwei Primer, um auf den beiden Einzelsträngen der DNA jeweils den Startpunkt der DNA-Synthese festzulegen, wodurch der zu vervielfältigende Bereich von beiden Seiten begrenzt wird
  • DNA-Polymerase, die bei hohen Temperaturen nicht zerstört wird, um den festgelegten Abschnitt zu replizieren (kopieren) (z. B. Taq-Polymerase)
  • Desoxyribonukleosidtriphosphate, die Bausteine für den von der DNA-Polymerase synthetisierten DNA-Strang
  • Mg2+ -Ionen, für die Funktion der Polymerase essentiell, stabilisieren die Anlagerung der Primer und bilden lösliche Komplexe mit den Desoxyribonucleosidtriphosphaten
  • Pufferlösungen, die eine für die DNA-Polymerase geeignete chemische Umgebung sicherstellen
Q:

Explain Gene-Synthesis.

A:

Many thousands of oligos on one chip, i don't really get it

Q:

What is the antisense approach?

A:

antisense Oligonucleotides bind to mRNA. RNase H is recruited and cleaves the mRNA target. The antisense Oligo can bind a new target and the 'cycle' is repeated.

The result is inhibition of Translation and/or mRNA function.


Q:

Explain what Grove-reading is and How it works.

A:

Reading of the DNA by Transcription factors+ polymerases. Specificity is caused by Sequence-recognition by the transcription factors: Bind the major-groove.

Q:

What is triplex Binding? Where is it involved?

A:

Recognition of DNA

Hoogsteen base pairing (vs Watson crick bp) can lead to triple stranded DNA by selective binding of SS-oligos to  major groove of ds DNA.

Q:

Why are ribonucleosides more stable in acidic conditions than 2’-deoxy ribonucleosides?

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Nucleic Acids

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