bioinformatik an der Universität Potsdam

Karteikarten und Zusammenfassungen für bioinformatik an der Universität Potsdam

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Phylotyping

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GenBank

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rational database
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domain Database

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super-secondary Structure

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Daten in den Swiss-Prot und TrEMBL von UniProt wiurden annotiert, quality-checked und relevante Links zu anderen Datenbanken wurden identifiziert und hinzugefügt

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Nach Pfam gibt es nur eine einzige Anordnung von Globindomänen in allen Proteinen, die diese Domäne beinhalten
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Ein positiver Wert in einer Substitutionsmatrix bedeutet, dass die entsprechenden AS in homologen Proteinen seltener durch die jeweils andere ersetzt werden, als ihrer Frequenz nach erwartet.

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Um ein geeignetes Substitutionsmodell für die Berechnung und Bewertung eines Alignments auszuwählen, muss man Wissen über die evolutionäre Divergenz der beiden Sequenzen haben.

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Im Vergleich zur Suche auf Proteinebene ist das beste Alignment zwischen der Nukleotidsequenz NM_000518 und der Leguminosensequenz aus GenBank signifikanter, weil es eine größere Identität hat.
(Als die Proteinsequenz)

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Pflanzen haben eine Globin-Homologie, aber eine BLAST-Suche auf Nukleotidebene findet sie nicht. Wegen der degenerierung des genetischen Codes, ist die Proteinsequenz konservierter, als die DNA Sequenz
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Wie BLAST geben die meisten MSA Programme globale oder Lokale Alignments zurück. Abhängig von der Ähnlichkeit und Domänenanordnung der Input-Sequenz

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Beispielhafte Karteikarten für bioinformatik an der Universität Potsdam auf StudySmarter:

bioinformatik

Phylotyping
Eine Methode, die versucht, Proben einer Mikrobiomprobe durch Vergleichen taxonomisch zuzuordnen, indem die Proben mit homologen Daten, für die bereits eine Artzuordnung vorliegt, verglichen werden.

- in BLAST: jede Probe wird mit Datenbank verglichen (Ähnlichste gesucht)

bioinformatik

GenBank
- Datenbank für Nukleotidsequenzen

- alle 24 h synchronisiert

- für effizientes Management in Taxonomie,...

- Sequenzdaten Variieren stark (Qualität)

- Forscher studieren Stoffwechsel, Signalwege,...

bioinformatik

rational database
- moderner (im Bezug auf flat-file), gleiche Funktionsweise

- Suche nach komplexen Themen -> mehrere Einträge als Ergebnis

- für PC lesbar, für Menschen erst nach Umwandlung

- effizientes Hochladen/ ändern von Daten

- Einträge in interaktiver HTML-Version

- besteht aus versch. verknüpften Tabellen
(z.B. Org., Sequenz, Journal,...)

bioinformatik

domain Database
- Protein ist mehrfach gelistet

- kann in so vielen Domänenfamilieneinträgen gefunden werden, wie es Domänen hat

- Einträge beziehen sich auf Domäne (vtl. nicht aufs Protein)

- Bekannteste: PFAM

bioinformatik

super-secondary Structure
- zwei oder mehr Strukturelemente

- spezifische und wiederkehrende kombination von Helices und Blättern mit bestimmter geometrischer Anordnung

- können in vielen verschiedenen Proteinen gefunden werden

bioinformatik

Daten in den Swiss-Prot und TrEMBL von UniProt wiurden annotiert, quality-checked und relevante Links zu anderen Datenbanken wurden identifiziert und hinzugefügt
Richtig

bioinformatik

Nach Pfam gibt es nur eine einzige Anordnung von Globindomänen in allen Proteinen, die diese Domäne beinhalten
Falsch

bioinformatik

Ein positiver Wert in einer Substitutionsmatrix bedeutet, dass die entsprechenden AS in homologen Proteinen seltener durch die jeweils andere ersetzt werden, als ihrer Frequenz nach erwartet.
Falsch

bioinformatik

Um ein geeignetes Substitutionsmodell für die Berechnung und Bewertung eines Alignments auszuwählen, muss man Wissen über die evolutionäre Divergenz der beiden Sequenzen haben.
Richtig

bioinformatik

Im Vergleich zur Suche auf Proteinebene ist das beste Alignment zwischen der Nukleotidsequenz NM_000518 und der Leguminosensequenz aus GenBank signifikanter, weil es eine größere Identität hat.
(Als die Proteinsequenz)
Falsch

bioinformatik

Pflanzen haben eine Globin-Homologie, aber eine BLAST-Suche auf Nukleotidebene findet sie nicht. Wegen der degenerierung des genetischen Codes, ist die Proteinsequenz konservierter, als die DNA Sequenz
Richtig

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Wie BLAST geben die meisten MSA Programme globale oder Lokale Alignments zurück. Abhängig von der Ähnlichkeit und Domänenanordnung der Input-Sequenz
Falsch

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