Genomics an der Universität Münster

Karteikarten und Zusammenfassungen für Genomics an der Universität Münster

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Yeast artificial chromosome

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Anwendung Y2H

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DNA- Isolation

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Phage Lambda Assemblierung

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FRET (fluorescence resonance energy transfer)

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Isoschizomere

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Restriktionsendonukleasen Basics

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DNA-Polymerase I --> Klenow Fragment E. coli

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Zentrifugation

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Autoradiographie zum radioaktiven Nachweis von Nukleinsäuren

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Genomik basics

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Aus welchen Molekülen besteht eine Zellmembran?

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Genomics

Yeast artificial chromosome

- Besitzen ARS (autonomously replicating sequence) & CEN (yeast centromere) & URA3 (uracil synthesis enzyme) sowie TEL (telemeric sequences, circular -> linear) & TRP1 (Markergene)

- Außerdem eine EcoR1 Schnittstelle, in der Genomfragmente eingebaut werden können.

Genomics

Anwendung Y2H

- Untersuchung zweier bekannter Proteine auf Interaktion (cDNA Gen x & cDNA Gen y)

- Identifizierung unbekannter, interagierender Proteine 

- Kartierung von Bindungsdomänen

Genomics

DNA- Isolation

1. BAkterienkultur -> Zentrifugieren -> Zelltrümmer am Boden

2. Zellen entnehmen -> Aufbrechen -> Zellextrakt (-> Zentrifugieren)

3. Aufreinigen der DNA -> Anreicherung

Genomics

Phage Lambda Assemblierung

- in vitro, Nu1 & A Proteine füllen die DNA zwischen den COS in den Kopf des Phagen, der Schwanz des Phagen setzt sich nur an volle Köpfe

-> bedeutet, dass die Verpackung automatisch geschieht, einfach DNA, Kopf- & Schwanzextrakt ins Reagenzglas und los gehts

Genomics

FRET (fluorescence resonance energy transfer)

- sind 2 FPs nah beisammen, findet Energietransfer statt & ursprünglich nicht anregbare FPs emitieren Licht (Überlagerung des Emissionsspektrums des GFPs mit dem Anregungsspektrum des YEP) --> für Interaktionsstudien

Genomics

Isoschizomere

- gleiche Erkennungssequenz, schneiden gleich

- z.B. Sstl oder Sacl

Genomics

Restriktionsendonukleasen Basics

- entdeckt als restringierende Systeme bei Phageninfektionen

- besteht aus Nuklease- und Methylase Aktivität

- Nomeklatur: Name des Organismus + Nummer des Enzyms (z.B. EcoRI)

Genomics

DNA-Polymerase I --> Klenow Fragment E. coli

- entspricht DNA Pol I, jedoch ohne 5´-Exonukleaseaktivität

- braucht alles wie DNA-Polymerase I

- Anwendung: Auffüllen von 5´-Überhängen, entfernen von 3´-Überhängen; radioaktive Sequenzierung; cDNA-Synthese (Zweitstrang)

Genomics

Zentrifugation

Trennung von Fraktionen/Fällung 

- Rpm = rounds per minute

- RCF: relative Zentrifugalkraft

- RCF: 11,17*r*(rpm/1000)^2

Genomics

Autoradiographie zum radioaktiven Nachweis von Nukleinsäuren

- Prinzip: Radioaktiv markierte DNA färbt einen Röntgenfilm der auf das getrocknete Gel gelegt wird

- Nachweis entsprechender DNA erfolgt über die Ansicht des Films

Genomics

Genomik basics

- Verschiedene Arten unterscheiden sich im Ploidiegrad des Genoms (Konsequenz für Genetik: Mendel nur bei diploiden)

Genomics

Aus welchen Molekülen besteht eine Zellmembran?

- Lipidmoleküle (durchgehende Doppelschicht)

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