Ausgangszustände disruptiver Kontrollstrategien an der Universität Magdeburg
Karteikarten und Zusammenfassungen für Ausgangszustände disruptiver Kontrollstrategien an der Universität Magdeburg
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9. Zweck der Methode „Parameterschätzung“
• Quantifizierung, einschließlich Fehlerrechnung, die Auskunft über Verlässlichkeit gibt
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10. Zweck der Methode „Modell-unterstützter Entwurf von Experimenten“
• Optimierung von Experimenten
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11. Durch welche allgemeine Parameter kriegen wir in der Biologie Probleme mit der Komplexität? (5)
• räumliche Dimension
• zeitliche Dimension
• Vermischung Antwort und Stimuli
• redundante und pleiotrope Funktionen
• Ebenen der Signalverarbeitung
• verschiedene Signalcodierungen
• biologische Systeme sind (noch) nicht optimiert / finalisiert
• Störanfälligkeit / beschränkte Reproduzierbarkeit
• genotypische Variationen
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12. Erforderliche Beschränkungen in der Systembiologie auf Grund von Komplexität (4)
• klar definierte biologische Systeme
• klar definierte räumliche Bereiche
• klar definierte Zeitrahmen
• klar definierte Interessensräume
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13. Parameter einer Zelle (manchmal sehr ähnlich, manchmal sehr verschieden) (6)
• Zellvolumen
• Proteine/Zelle
• Größe des Genoms (definitiv umgebungsunabhängig)
• Größe der Regulator Bindungsstelle (definitiv umgebungsunabhängig)
• Konzentration eines Proteins / Zelle
• Diffusionszeit der Proteine durch die Zelle
• Diffusionszeit kleiner Moleküle durch die Zelle
• Zeit ein Gen zu Transkribieren
• Zeit ein Protein zu Translatieren
• Typische mRNA Lebenszeit
• Zellgenerationszeit
• Ribosomen / Zelle
• Transition zwischen Proteinstatus (aktiv/inaktiv) (definitiv umgebungsunabhängig)
• Mutationsrate
• → intrinsische Parameter/Zustandsgrößen isolierter Proteine sind umgebungsunabhängig!
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14. Was ist die Systembiologie nicht? (4)
• blinde Sammlung von Daten durch high-throughput Ansätze
• Hypothesen-freie Experimente und Forschungsansätze
• automatisierte Extraktion von Ergebnissen aus riesigen Datenmengen
• überflüssige Sichtweise für klassische biologische Ansätze
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15. Wie ermöglicht die Systembiologie das Verständnis biologischer Systeme?
• Durch Identifizierung von Regelmäßigkeiten und Regeln, die den Zustand des Systems beschreiben
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16. Nenne ein Problem der Systembiologie!
• Nur partielle Beobachtbarkeit des Systems limitiert Wissen über das System (Bsp.: Gerade vs Sinuskurve)
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17. Was ist besser als „Vorhersagen des Zustands des Systems unter definierten Bedingungen“?
• Vorhersagen möglicher Zustände des Systems unter definierten Bedingungen
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18. Was sind die Grundlagen der Systembiologie? (3+1)
• Experimente in den biologischen Systemen
• Computer-unterstützte Auswertung von Datenmengen
• Hintergrundwissen über die Systemen
• Verknüpfung: Experiment → Daten → Datenverwaltung/-interpretation ← Wissen
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18.5 Wozu wird der Begriff „Modell“ in der Systembiologie verwendet?
• Abstraktion
• konkrete Beispiele (Maus, Entzündung, ...)
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19. Nenne die zwei grundlegenden Ansätze in der Systembiologie!
• Bottom up
• top down
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