Molekulare Ökologie an der Universität Innsbruck

Karteikarten und Zusammenfassungen für Molekulare Ökologie an der Universität Innsbruck

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Was ist molekulare Ökologie?

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Molekulare Techniken & Basis
Molekulare Marker


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Mutationsgeschwindigkeit:

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Lage

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weitere Bsp. für Marker:

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Was ist ein Locus?


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Allel=

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Haplotyp

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Paternal Leakage=

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DNA

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Molekulare Ökologie

Was ist molekulare Ökologie?

Molekularbiologische Methoden werden verwendet um ökologische oder auch evolutive Fragestellungen zu beantworten.

Fragenstellungen zu Organismen --> werden im Labor untersucht --> dann Bioinformatisch ausgewertet

Bsp. für die Verwendung: Ist Pferdefleisch in der Lasagne? ; Vaterschaftstest, Kriminalistik, Forensik…..

Molekulare Ökologie

Molekulare Techniken & Basis
Molekulare Marker


= ein Platzhalter bzw. gewisse Genotyp-Ausschnitte, als gewisse Loci, welche man heranzieht um später etwas zu vergleichen

z.B. Gene, nicht codierte Bereiche, Introns, Exons, SNPs(„Snips“), EPIC (Exon primed Intron crossed), Microarrays…-> um ein Fragestellung beantworten zu können


Die ersten mol. Marker waren Allozyme.

Molekulare Ökologie

Marker können unterschiedlich eingeteilt werden nach:

  • Mutationsgeschwindigkeit:
  • Lage
  • Art:
  • Funktion:
  • Erbgang:
  • Detektionsmethode
  • Ansatz

Molekulare Ökologie

Marker können unterschiedlich eingeteilt werden nach:


Mutationsgeschwindigkeit:

Mutationsgeschwindindigkeit = Das Tempo des Markes ist abhängig von der Fragestellung.

  • schneller Marker: wenig Variation
    --> verwendet bei jüngeren Arten und innerartlichen Fragestellungen
    Bsp.: Mikrosatelliten- bei nah verwandten Arten oder der gleichen Art

  •  langsame Marker: Schnelle Variation
    --> bei Fragestellung die weiter zeitlich zurückliegen oder außerartlich sind
    Bsp.: Exons oder 28s/18Sr DNA

Molekulare Ökologie

Marker können unterschiedlich eingeteilt werden nach:

Lage

  • nukleare Kernmarker:  Information von allen Vorfahren
  • mitochondriale Kernmarker: nur Informationen der weiblichen Vorfahren übermittel

Molekulare Ökologie

Marker können unterschiedlich eingeteilt werden nach:

  • Art: DNA v. DNA‐Produkte/Verwandte (Proteine, RNA)
  • Funktion: kodierende v. nicht-kod., funktionell (zB. Promotoren, tRNA) v. nicht‐funktionellAnsatz
  • Erbgang: uniparental v. biparental, dominant v. co‐dominant
  • Detektionsmethode: Sequenzen v. Fragmente
  • Ansatz: Single‐v. Multi‐Locus

Molekulare Ökologie

weitere Bsp. für Marker:

  • simple Sequenz repeat= simple repetierende Sequenzen- für Vaterschaftstest herangezogen
  • Protein-codierende Gene

Molekulare Ökologie

Was ist ein Locus?


= spezifische Postion im Genom, Ort

Molekulare Ökologie

Allel=

Varianten des selben Locus; wenn es 2 Ausprägungen gibt die in 2 versch. Formen vorliegen

Molekulare Ökologie

Haplotyp

Sequenz die nur 1x vorliegt, es gibt nur eine Variante

Molekulare Ökologie

Paternal Leakage=

Durchsickern von väterlicher DNA ins Genom

Molekulare Ökologie

DNA

  • Zwischen G und C-> 3 Bindungen-schwerer zu trennen --> Pyrimidin
  • Zwischen A und T-> 2 Bindungen --> Purimidin
  • Purimidin mutiert leichter zu Purimidin und
    Pyrimidin leichter zu Pyrmidin,
    als Purimidin zu Pyrimidin oder umgekehrt --> Missmatch-Mutation
  • Die Schmelztemperatur steigt, je mehr G und C vorhanden sind

  • Ein Primer mit hohen CG-Gehalt lagert sich also auch bei höheren Temperaturen an die DNA an. 
  • Ein idealer Primer hat über 60% GC-Gehalt. Bei viel TA- Gehalt kommt es oft zu einer unspezifischen Anlagerung des Primers und es bilden sich mehr Banden aus.

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