Block 4 an der Universität Bern

Karteikarten und Zusammenfassungen für Block 4 an der Universität Bern

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Initiation der Replikation

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Initiation Transkription von Prokaryotischen Genen

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Elongation Transkription Prok. Gene
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2 Mechanismen der Termination der Transkription Prok. Gene

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rho abhängige Termination

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rho unabhängig Termination

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Initiation Transkription Eukarytische Gene RnA Poly ||
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Elongation Transkription Euk Gen Poly II

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Termination Transkription Euk Gene Poly II

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RNA Capping

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RNA Editing
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Binden der DNA Polymerase am DNA Strang

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Block 4

Initiation der Replikation
1. Öffnen der DNA Doppelhelix:
DnaA bindet sn Replikationsursprung und verbiegt DNA, dass 13 Bp öffnet
2. Helikase dockt an offenen Komplex an und öffnet DNA weiter (ATP verbrauch hinaufwandern)
3. SSB stabilisieren vor verkleben
4. RNA Primer wird gebildet
5. DNA Polymerase |||

Block 4

Initiation Transkription von Prokaryotischen Genen
1. Korrektes auffinden des Startpunkts (AT Reiche Regionen im Promotor aller Prok Gene (-10/-35))
2. Sigmafaktor bindet an -10/-35 Sequenz (Lotse) -> Initiation und Anlagerung Polymerase am CTD Domäne mit -70 (upstream)
3. Initiationskomplex schmilzt DNA auf und RNA Polymerase lagert Nucleotide an, bei einer länge von 10 Nukleotiden wird Sigmafaktor verdrängt und Elongation beginnt

Block 4

Elongation Transkription Prok. Gene
1. RNA Polym. liest Matrizenstrang 3-5‘ und snythet. in 5-3‘
v≈ 50Nukl/s

Block 4

2 Mechanismen der Termination der Transkription Prok. Gene
rho abgängig
rho undabhängig

Block 4

rho abhängige Termination
1. Rho Faktor bindet an ca. 70Nukl. lange RNA-Sequenz (RUT) 
RUT befindet sich in der nähe der Termin.stelle
2. Rho bildet Ringstruktur (Hexamer) und schlieest um RNA bei Kontakt wird Rho aktiviert
3. Rho wandert unter ATP in Richtung Polymerase
4. Helicaseaktivität von Rho=> Zerfall des Komplexes

Block 4

rho unabhängig Termination
Ausbildung von Haarnadelstrukturen in RNA
1) Gene enthalten ca 40Nukl lange Terminationssignale und Haarnadeln bilden
2) Kontakt der Polymerase mit Haarnadel führt zu Konformationsänderung und Zerfall des Komplex

Haarnadelschleife: GC reiches RNA Segment -> H Brücken & Poly U Rest

Block 4

Initiation Transkription Eukarytische Gene RnA Poly ||
1. allg. Transkriptionsfaktoren sind nötig bei Poly ||: TFIID (hat Untereinhat TBP welches an TATA bindet)
2. TFIIA und TFIIB binden an die BRE-Sequenz und bilden DAB (D&A&B) Komplex
(TFIIB bindet upstream von BRE und downstream von TATA)
3. TFIIF bindet mit Polymerase II an diesen Komplex
4. Bindung von TFIIE und TFIIH (Helikase-> trennt H Brücken)
5. Mediatorkomplex (reagieren auf enhancer und silencer) bindet (20Proteine) lockert Nukleosomen auf

Block 4

Elongation Transkription Euk Gen Poly II
CTD (C-terminale-domäne) besteht aus spezieler Heptapeptid Sequent, die von CDKs an Serinresten (S) phosphoriliert werden und auch dephosphoriliert
-> dies dient der Rekrutierung von versch. Proteinkomplexen die der Elongation und Modifikation dienen

Block 4

Termination Transkription Euk Gene Poly II
1. CTD Phosphorylierung an S5 führt zur Ablösung der Initioationsfaktoren und Mediatorkomplex
und zur Bindung des cap complexes (csc) am 5‘ Ende der PrämRNA
2. Phosphorylierung von S2 führt zur Bindung von Spleissfaktoren (herausschneiden Introns)
3. Binden PolyAFaktoren an CTD -> PolyA am 3‘

Block 4

RNA Capping
-chemische Veränderung bei Euk
- 7Methylguanosin über 5‘5‘ Triphosphat gebunden
- cotranslationel (auch bei nicht codierenden)
-> erhöht Stabilität (kein Abbau durch Exonukleasen) wichtig für Transport aus Zellkern

Block 4

RNA Editing
ermöglicht Bildung untersch. Proteine aus einer mRNA
-Durch Desaminierung (Cytoson-Desaminase (Erterozyten)) wird ein Codon in ein Stopp codon umgewandelt -> unterschiedliche länge

Block 4

Binden der DNA Polymerase am DNA Strang
1. Primase bildet RNA Primer
2. gamma-Komplex erkennt 3‘ OH ende des Primers und beläd Strang mit (ATP) 2 beta-Untereinheiten 
3. Das core Enzym kann nun an diesen Gleitring (erhöht Prozessivität) binden

Gleitring aus Protein PCNA
RFC Komplex beläd Gleitring auf Strang

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