Protein Prediction I an der TU München

Karteikarten und Zusammenfassungen für Protein Prediction I an der TU München

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Beispielhafte Karteikarten für Protein Prediction I an der TU München auf StudySmarter:

What is the difference between Hashing and Dynamic Programming?

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What is BLOSUM Scoring Matrix?

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What is the BLAST method?

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What is the smallest building block of life that can replicate?

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What is the central dogma of molecular biology?

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How many amino acids are proteins made of?

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What is the size of the human genome?

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How long are proteins?

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If each nucleotide triplet encoded unique amino acid, how many different amino acids would there be? You still need one-stop codon that behaves as usual!

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All amino acids have the same backbone.

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Amino acids form a peptide bond through side chains.

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Most proteins are multi-domain.

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Beispielhafte Karteikarten für Protein Prediction I an der TU München auf StudySmarter:

Protein Prediction I

What is the difference between Hashing and Dynamic Programming?
-> database today has 120 million records -> Hashing doesn’t align entire matches but (randomly picked) stretches or words (of size 3, but today it is recommended to use 5) -> Hashing much faster -> Hashing more feasible, doable -> Hashing cannot do multiple sequence alignments (like all vs all)

Protein Prediction I

What is BLOSUM Scoring Matrix?

BLOSUM Scoring Matrix gives a score for aligning an amino acid with another.

Protein Prediction I

What is the BLAST method?

We search for "seed" words of some size and then try to extend at those locations for matching.

Protein Prediction I

What is the smallest building block of life that can replicate?

Cells

Protein Prediction I

What is the central dogma of molecular biology?

DNA is transcribed into RNA, RNA is translated into proteins.

Protein Prediction I

How many amino acids are proteins made of?

20

Protein Prediction I

What is the size of the human genome?

20000

Protein Prediction I

How long are proteins?

from 35 to 30,000 amino acid residues

Protein Prediction I

If each nucleotide triplet encoded unique amino acid, how many different amino acids would there be? You still need one-stop codon that behaves as usual!

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Protein Prediction I

All amino acids have the same backbone.

True

Protein Prediction I

Amino acids form a peptide bond through side chains.

False

Protein Prediction I

Most proteins are multi-domain.

True

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