Genomik

Karteikarten und Zusammenfassungen für Genomik an der TU München

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ChIP-seq

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epigenomics

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KMTs

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oteins with chromodomain

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proteins with bromodomain

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HDAC and cancer

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erasers ~ example: HDACSs

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writers ~ example: HATs ~ p300


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acetylation effect

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Nomenclature of histone modifications

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Beispielhafte Karteikarten für Genomik an der TU München auf StudySmarter:

Genomik

ChIP-seq

chromatin – immunoprecipitation coupled to sequencing

using antibodie sspecific to histones with epigenetic mark of interest, then sequence and map to reference genome

Genomik

epigenomics

large scale study of epigenetic modifications at every position of the genome at a given time and/ or condition

Genomik

KMTs

lysine methyltransferase; writers

maintenance of histone code over cell division 

during 

DNA replication methylated histones are replaced by

unmodified histones, but KMTs remain associated with newly replicated DNA

at specific loci

-> enyzmes methylate the newly incorporated histones to reestablish the methylation

patterns

Genomik

oteins with chromodomain

bind to methylated lysines of histones

eg HP1

Genomik

proteins with bromodomain

bind to acetylated lysines of histones

eg BRD1

Genomik

HDAC and cancer

HDACs often found actiated in cancer cells -> targets for cancer therapy

normal cell: deacetylation & acetylation in balance

cancer cell: overexprimation of HDACs

-> overactive deacetylation -> decreased tumor suppressor gene activity (eg

p21) -> unchecked cell groth and survival

=> DAC inhibitor is brought in to block HDACs and restore the balance

Genomik

erasers ~ example: HDACSs

histone deacetylases

remove acetyl residues from histones

close the chromatin by histone deacetylation & shut down transcription

also deacetylate & thereby regulate proteins other than histones

eg HDAC1 to 10

Genomik

writers ~ example: HATs ~ p300


open the chromatin at promoters by histone acetylation and in addition activates RNA polymerase II

Genomik

writers ~ example: HATs

histone acetyltransferases

link acetyl residues to lysines

eg p300

Genomik

acetylation effect

weakens the interaction between negatively charged groups on the DNA molecule and the positively charged histone tails via negatively charging the histone tails -> tails are repelled from DNA

=> transcription factors can access the DNA

Genomik

Nomenclature of histone modifications

histone number – amino acid number – type of modification

eg H3K27me3/ac

Histone 2, Lysine 27, trimethyl/ acetyl

Genomik

large scale projects

ENCODE project = encylcopedia of DNA elements

The Roadmap Epigenomics Project

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