Proteomics an der TU Dresden

Karteikarten und Zusammenfassungen für Proteomics an der TU Dresden

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The central dogma

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Characterize the genetic code

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Who broke the code and how?

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Which kinds of chemical reactions can Aminoacids undergo?

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What is the chirality center?

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What is called an Enantiomer?

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Representation of Molecules: 2 possible representations

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AA common structural features: (6)

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Aminoacids with nonpolar, aliphatic R groups 

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Aminoacids with polar uncharged R-groups

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Aminoacids with positively charged R-groups

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Beispielhafte Karteikarten für Proteomics an der TU Dresden auf StudySmarter:

Proteomics

The central dogma

DNA --> RNA --> Protein

Proteomics

Characterize the genetic code

triplet code

not overlapping

not punctuated = it´s read without interspace starting at starting point to fixed end point

Proteomics

Who broke the code and how?

Marshall Nirenberg and Heinrich Matthaei:
poly-U produced polyphenylalanine in a
cell-free translation system

Proteomics

Which kinds of chemical reactions can Aminoacids undergo?

• Carboxyl groups form amides & esters
• Amino groups form Schiff bases and amides
• Cys residues can form disulfides and can be easily alkylated

Proteomics

What is the chirality center?

atom that holds a set of ligands in a spatial arrangement that it is not super-imposable to it’s mirror image. e.g. Carbon atom with 4 different ligands

Proteomics

What is called an Enantiomer?

Enantiomers are pairs of compounds that are not superimposable. A chiral compound must have an enantiomer!

In enzymatic reactions, usually one enantiomer is preferred.

Proteomics

Representation of Molecules: 2 possible representations

  1. Cahn-Ingold-Prelog convention: R/S-configuration
  2. Fisher-Projection: D/L (most oxidized C-atom at the top

Proteomics

AA common structural features: (6)

1. molecule containing an amino group and any type of acid group

2. nearly all AA have S-config (except Gly)

3. a-amino acids are chiral molecules (asymmetric carbon atom); exception: glycine

4. chirality center is the asymmetric a-carbon atom

5. nearly all naturally found amino acids have (S) configuration, exception: cysteine (R=CH2SH): (R)

6. D-amino acids are of microbial origin and can be found in certain antibiotics or the bacterial cell wall

Proteomics

Aminoacids with nonpolar, aliphatic R groups 

(Glycine)

Alanine

Valine

Leucine

Isoleucine

Methionine


Proteomics

Aminoacids with polar uncharged R-groups

Serine

Threonine

Cysteine

Proline

Asparagine

Glutamine

Proteomics

Aminoacids with aromatic R-groups

Tyrosine

Phenylalanine

Tryptophane

Proteomics

Aminoacids with positively charged R-groups

Histidine

Arginine

Lysine

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