Molekularbiologie für Biotechnologen Fragenkatalog an der RWTH Aachen

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What is the difference between intrinsic and Rho dependent genes in terms of termination?


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Give the names of the two major model for eucaryotic RNA polymerase II termination?

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What topological problem can transcription cause?

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What is the bacterial Rho protein (in the field transcription)?


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What happens to most eukaryotic 3' mRNAs? 


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Is the polyA tail of eucaryotic mRNA added to the last based made by RNA polymerase II?

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Describe schematically how capping proceeds? 


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What takes care of the nucleosome problem during transcription? 


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What is a (bacterial) intrinsic terminator?


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What are the two main features of a bacterial terminator? 


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Which eukaryotic RNA polymerase recognizes intrinsic terminators? 


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Which kind of amino acids would you expect to find in proteins that contact DNA and why? 


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Molekularbiologie für Biotechnologen Fragenkatalog


What is the difference between intrinsic and Rho dependent genes in terms of termination?



  • Rho-dependent genes do not have the hairpin and poly-A structures found in intrinsic terminators


Molekularbiologie für Biotechnologen Fragenkatalog

Give the names of the two major model for eucaryotic RNA polymerase II termination?

  • Allosteric Model: poly(A) tail is synthesized followed by a postprocessing signal for cleavage
  • Torpedo Model: the endonuclease degrades the nascent RNA after poly(A) tail until it reaches the RNA Pol II, that dissociates thereby from the DNA

Molekularbiologie für Biotechnologen Fragenkatalog

What topological problem can transcription cause?

  • The transcriptional bubble provokes a region of supercoiling in front (positive) and behind (negative) the RNA polymerase
  • Both regions have to be removed by special enzymes
  • In E. coli, DNA gyrase removes the positive supercoils and DNA topoisomerase I removes the negative supercoils

Molekularbiologie für Biotechnologen Fragenkatalog


What is the bacterial Rho protein (in the field transcription)?


  • Rho is an hexameric ATPase with a ring structure
  • It binds to C-rich areas of RNA

Molekularbiologie für Biotechnologen Fragenkatalog


What happens to most eukaryotic 3' mRNAs? 



  • It gets polyadenylated


Molekularbiologie für Biotechnologen Fragenkatalog

Is the polyA tail of eucaryotic mRNA added to the last based made by RNA polymerase II?

  • Polyadenylation at the 3’ end of eukaryotic mRNAs starts with an initial cleavage
  • This cleavage usually occurs after a CA that lies between a conserved AAUAAA hexamer and a U or GU-rich region (exact elements differ between organisms)
  • After cleavage, ~200 adenosines are added by poly(A) polymerase

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Describe schematically how capping proceeds? 


  • Capping of the growing RNA strand in 3 steps:
  • Removal of 5´phosphate
  • A guanyl transferase attaches GMP to the and in a 5´-5´ triphosphate linkage
  • The guanine is methylated by a guanine-7-methyl transferase

Molekularbiologie für Biotechnologen Fragenkatalog


What takes care of the nucleosome problem during transcription? 



  • Eukaryotes use histone chaperones to remove nucleosomes ahead of RNA polymerase, and reassemble them behind the polymerase


Molekularbiologie für Biotechnologen Fragenkatalog


What is a (bacterial) intrinsic terminator?


  • Terminator sequences in DNA signal RNA polymerase to cease transcription.
  • At certain sites, RNA polymerase terminates transcription without any additional factors (intrinsic terminators)

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What are the two main features of a bacterial terminator? 


  • An inverted repeat sequence forming a stem-loop in the RNA,
  • Followed by a polyA: 8-10 A residues pairing with the poly-U in the transcription bubble

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Which eukaryotic RNA polymerase recognizes intrinsic terminators? 



  • RNA polymerase III


Molekularbiologie für Biotechnologen Fragenkatalog


Which kind of amino acids would you expect to find in proteins that contact DNA and why? 



  • Positively charged amino acids because the backbone of the DNA is negatively charged


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