MolGen an der LMU München

Karteikarten und Zusammenfassungen für MolGen an der LMU München

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Gating
a) Was ist das?
b) Was wird geGated? Wodurch?
c)

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Nikotinischer Acetylcholinrezeptor:
a) permeabel wofür?
b) Wodurch öffnet sich die Pore?
c) Welcher Organismus?

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4 Dinge, bei denen die eukaryotische Transkription komplexer ist als die prokaryotische?
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Nennen Sie drei Kernhormonrezeptoren (Nukleäre Rezeptoren)

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Nennen Sie zwei Templat-abhängige molekulare Maschinen, die durch Polymerisationsaktivität am Genomerhalt oder an der Genexpression beteiligt sind und ordnen Sie diese nach ihrer Fehlerrate.

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Welche Aufgabe erfüllt das rho-Protein?    

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Was macht die Ligase bei der DNA-Replikation und woher kommt die Energie dafür?
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Für das Einbringen von modifizierter DNA in eukaryontische Zellen werden mitunter auch veränderte Viren genutzt. Dazu muss der modifizierte Virus die Zellen infizieren und das genetische Material einbringen, es darf aber nicht zur viralen Replikation und damit zur Zerstörung der infizierten Zelle kommen. Wie wird das bei den experimentell genutzten Retro-Viren erreicht?

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Welche Enzymatische Aktivität besitzt die Primase?            

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Was sind UGT?
Was sind deren Aufgaben?
Wie viele Isoformen gibt es davon in A. thaliana?

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Homologe rekombination
a) Wozu dient HR? (3 Punkte)
b) Beschreibe knapp den Ablauf. Unterscheide dabei meiotische und mitotische Rekombination
c) wie kann HR für gezielten Einbau einer Sequenz ins Genom verwendet werden?
d) Welche Aussagen kann man über die länge der Homologie Arme machen ?
e) 4 Nachteile von HR-vermitteltem Genome Editing
f) Was kann man inhibitieren, um die Ausbeute an HR-Ereignissen zu steigern?
g) Wazu braucht man außerdem Selektions-Marker und Anti-Selektions-Marker?
h) Welche anderen Rekombinations-mechanismen kennen wir noch ?
i) Wie kann HR in e.coli vermehrt werden?
j) Anwendungen von homologer Rekombination
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Was heißt polycistronisch und monocistronisch und welche (pro- oder eukaryotische) mRNA ist wie?

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Beispielhafte Karteikarten für MolGen an der LMU München auf StudySmarter:

MolGen

Gating
a) Was ist das?
b) Was wird geGated? Wodurch?
c)
a) öffnen bzw schließen eines Kanals
b) Membrankanäle durch Extradomänen, Konformationsänderungen
m

MolGen

Nikotinischer Acetylcholinrezeptor:
a) permeabel wofür?
b) Wodurch öffnet sich die Pore?
c) Welcher Organismus?
a) Na+, K+
b) ACh-Bindung
c) Zitterrochen

MolGen

4 Dinge, bei denen die eukaryotische Transkription komplexer ist als die prokaryotische?
1. drei RNAPs vs eine
2. TF
3. Notwendigkeit von upstream Regionen
4. Zellkern

MolGen

Nennen Sie drei Kernhormonrezeptoren (Nukleäre Rezeptoren)

Antwort (3 davon): • GR • MR • PR • AR • ER • TR • RAR • VDR • RXR • PPAR • LXR • FXR • PXR • CAR • HNF4a • SF-1 • LRH-1 • ROR • ERR • Rev-Erb • …

MolGen

Nennen Sie zwei Templat-abhängige molekulare Maschinen, die durch Polymerisationsaktivität am Genomerhalt oder an der Genexpression beteiligt sind und ordnen Sie diese nach ihrer Fehlerrate.

DNA-Polyermerase: 10^-9 bp
RNA-Polymerase: 10^-4
Ribosom 

MolGen

Welche Aufgabe erfüllt das rho-Protein?    
Beendigung der Transkiption

MolGen

Was macht die Ligase bei der DNA-Replikation und woher kommt die Energie dafür?
verknüpft 5' Phosphat mit 3' OH der Okazaki Fragmente
Energie kommt aus der Hydrolytischen Spaltung von ADP oder NADP

MolGen

Für das Einbringen von modifizierter DNA in eukaryontische Zellen werden mitunter auch veränderte Viren genutzt. Dazu muss der modifizierte Virus die Zellen infizieren und das genetische Material einbringen, es darf aber nicht zur viralen Replikation und damit zur Zerstörung der infizierten Zelle kommen. Wie wird das bei den experimentell genutzten Retro-Viren erreicht?

Die infektiöse (die für die Replikation zuständige) auf dem viralen Vektor mit der zu transferierenden Sequenz (und dem Verpackungssignal) wird deletiert.
Die fehlende Funktion wird in trans aus einer entsprechend modifizierten Verpackungszelllinie zur Verfügung gestellt. Dieser Gentransfer-Vektor (Helfer-Virus) enthält dagegen kein Verpackungssignal.
= Zwei-Komponenten-System

MolGen

Welche Enzymatische Aktivität besitzt die Primase?            
5'-3'-RNA-Polymeraseaktivität

MolGen

Was sind UGT?
Was sind deren Aufgaben?
Wie viele Isoformen gibt es davon in A. thaliana?
UGT sind small molecule UTP (=UridinTriPhosphat) - GlycosylTransferasen.
Signalmoleküle, Abwehrstoffe, Sekundärmetabolite
122 Isoformen

MolGen

Homologe rekombination
a) Wozu dient HR? (3 Punkte)
b) Beschreibe knapp den Ablauf. Unterscheide dabei meiotische und mitotische Rekombination
c) wie kann HR für gezielten Einbau einer Sequenz ins Genom verwendet werden?
d) Welche Aussagen kann man über die länge der Homologie Arme machen ?
e) 4 Nachteile von HR-vermitteltem Genome Editing
f) Was kann man inhibitieren, um die Ausbeute an HR-Ereignissen zu steigern?
g) Wazu braucht man außerdem Selektions-Marker und Anti-Selektions-Marker?
h) Welche anderen Rekombinations-mechanismen kennen wir noch ?
i) Wie kann HR in e.coli vermehrt werden?
j) Anwendungen von homologer Rekombination
a) 1) Doppelstrangbruchreparatur 2) Integration des F-Plasmids in Bakterienchromosom 3) meiotische Rekombination
b) double-stand break - end resection - strand invasion (ein überstehendes Einzelstrangende lagert sich an homologe Sequenz) - DNA synthesis
  • i) Meiose: second end capture (andere Doppelstranghälfte wird anhand der anderen Vorlage hälfte komplementiert) - ligation - crossover oder non-crossover => Stück von homologem Chromosom wird "geklaut" und Lücke aufgefüllt.
  • ii) Mitose: stand displacement - annealing - DNA-synthesis - ligation => Vorlagesequenz bleibt unverändert
c) mit einem Targeting Vector = einzubauende Sequenz zwischen 2 homologie Armen: über die homologie Arme wird eine bestimmte Stelle im Genom angesteuert, durch Zufall kann der Targeting Vector dann anstatt eines Schwester-Chromatids eingebaut werden (nach einem Doppelstrangbruch)
d) Sie müssen sehr lang sein, damit möglichst viele spontane Doppelstrangbrüche aufgefangen werden können. Wenn man mit einer Designer Nuklease gezielte DSBrüche erzeugt, wird die HR effizienter und die Homologie Arme können kürzer sein.
e)
1) off-target Spaltung wegen zu geringer Spezifität der Nuklease führt zu unbeabsichtigter Mutagenese
2) Eindeutiges targeting in repetitiven Sequenzen schwierig
3) Eingluss der Chromatin Struktur am Target Locus
4) oft nicht effizient genug für homozygote Insertion
f) End-Joining
g) Selektions-Marker zum eliminieren von Zellen ohne eingebauten Targeting Vector, Anti-Selektions-Marker zum eliminieren von Zellen die mehr als den Targeting-Vector eingebaut haben (wenn nur ein Arm rekombiniert oder eine spontane Integration erfolgt)
h) Rekombination zwischen bakterieller und phagen-DNA:
-------cre-lox System (loxB/P - loxL/R) durch cre Rekombinase (aus Phage P1)
-------FLP-Rekombinase (aus yeast), FRT-Sequenz
-------BP' (attL) und PB'(attR) wird durch Excisionase (von Lambda Phage) rekombiniert zu BB' (attB)und PP' (attP) (Rückreaktion durch Integrase) => Klonierungen
-------irgendwas in Omega31-Phage => transgeneTiere
i) durch die 5'-3'-Exonuklease RecE oder Redalpha und Single strand binding proteins RecT oder Redbeta (funktioniert anscheinend auch für nicht-homologe Rekombination)
j) Ersetzen eines Gens in e.coli durch einen Selektionsmarker für Gnock out

MolGen

Was heißt polycistronisch und monocistronisch und welche (pro- oder eukaryotische) mRNA ist wie?
polycistronisch: mehrere Gene (meist desselben Stoffwechselwegs) auf einem Stück mRNA: bei Prokaryoten,
monocistronisch: nur ein Gen pro mRNA: Eukaryoten (wenn mehrere Gene, wird nur das erste Cistron translatiert

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