MolGen an der LMU München

Karteikarten und Zusammenfassungen für MolGen an der LMU München

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Beispielhafte Karteikarten für MolGen an der LMU München auf StudySmarter:

Für das Einbringen von modifizierter DNA in eukaryontische Zellen werden mitunter auch veränderte Viren genutzt. Dazu muss der modifizierte Virus die Zellen infizieren und das genetische Material einbringen, es darf aber nicht zur viralen Replikation und damit zur Zerstörung der infizierten Zelle kommen. Wie wird das bei den experimentell genutzten Retro-Viren erreicht?

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Nennen Sie eine a) aromatische Aminosäure b) negativ geladene Aminosäure, die bei pH7 mit einer Seitenkette von Lysin eine Salzbrücke ausbilden kann c) schwefelhaltige Aminosäure

d) positv
e) hyroxyliert
f) hydrophob
g)hydrophil also alle geladenen also polare also alle mit oh Gruppe 

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Nennen Sie zwei Templat-abhängige molekulare Maschinen, die durch Polymerisationsaktivität am Genomerhalt oder an der Genexpression beteiligt sind und ordnen Sie diese nach ihrer Fehlerrate.

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Was macht die Ligase bei der DNA-Replikation und woher kommt die Energie dafür?

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Welche Enzymatische Aktivität besitzt die Primase?            

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Homologe rekombination
a) Wozu dient HR? (3 Punkte)
b) Beschreibe knapp den Ablauf. Unterscheide dabei meiotische und mitotische Rekombination
c) wie kann HR für gezielten Einbau einer Sequenz ins Genom verwendet werden?
d) Welche Aussagen kann man über die länge der Homologie Arme machen ?
e) 4 Nachteile von HR-vermitteltem Genome Editing
f) Was kann man inhibitieren, um die Ausbeute an HR-Ereignissen zu steigern?
g) Wazu braucht man außerdem Selektions-Marker und Anti-Selektions-Marker?
h) Welche anderen Rekombinations-mechanismen kennen wir noch ?
i) Wie kann HR in e.coli vermehrt werden?
j) Anwendungen von homologer Rekombination

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Welche Aufgabe erfüllt das rho-Protein?    

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Spleißen:
a) Welche Partikel sind beteiligt?
b) Wodurch wird die Reaktion gesteuert?
c) Werden immer die gleichen introns entfernt?
d) Wird die RNA verkürzt oder verlängert?
e) Wie viele Komponenten hat das Spliceosom und woraus bestehen sie?


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Woraus besteht das Ribosom?    

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Translation:
a) Sequenz für die genaue Positionierung des Startcodons an der klienen UE? (Prokaryoten)
b) Enzym für den Einbau der richtigen AS?
c) Komponente des Ribosoms, das direkt an der Katalyse der Peptidbindung beteiligt ist?
d) Wie funktioniert die Termination?

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Transkription in Prokaryonten:
a) Wo reguliert der Sigma Faktor?
b) Was passiert bei -10?
c) Wie und wo kann ein Promotor blockiert werden?
d) Kann ein einziger Promotor mehrere Gene regulieren?
e) Was bringt die 3'-5'-Exonukleaseaktivität der RNA-Polymerase?

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Was heißt polycistronisch und monocistronisch und welche (pro- oder eukaryotische) mRNA ist wie?

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Beispielhafte Karteikarten für MolGen an der LMU München auf StudySmarter:

MolGen

Für das Einbringen von modifizierter DNA in eukaryontische Zellen werden mitunter auch veränderte Viren genutzt. Dazu muss der modifizierte Virus die Zellen infizieren und das genetische Material einbringen, es darf aber nicht zur viralen Replikation und damit zur Zerstörung der infizierten Zelle kommen. Wie wird das bei den experimentell genutzten Retro-Viren erreicht?

Die infektiöse (die für die Replikation zuständige) auf dem viralen Vektor mit der zu transferierenden Sequenz (und dem Verpackungssignal) wird deletiert.
Die fehlende Funktion wird in trans aus einer entsprechend modifizierten Verpackungszelllinie zur Verfügung gestellt. Dieser Gentransfer-Vektor (Helfer-Virus) enthält dagegen kein Verpackungssignal.
= Zwei-Komponenten-System

MolGen

Nennen Sie eine a) aromatische Aminosäure b) negativ geladene Aminosäure, die bei pH7 mit einer Seitenkette von Lysin eine Salzbrücke ausbilden kann c) schwefelhaltige Aminosäure

d) positv
e) hyroxyliert
f) hydrophob
g)hydrophil also alle geladenen also polare also alle mit oh Gruppe 
a)  Phenylalanin, Tryptophan
b) Aspartic Acid, Glutamat
c) Cystein, Methionin

d) Arginine, Lysin
e) Threonine, Serin, Tyrosin
f) Isoleucine, leucine, Valin
g) Arginin, His, Lysin

MolGen

Nennen Sie zwei Templat-abhängige molekulare Maschinen, die durch Polymerisationsaktivität am Genomerhalt oder an der Genexpression beteiligt sind und ordnen Sie diese nach ihrer Fehlerrate.

DNA-Polyermerase: 10^-9 bp
RNA-Polymerase: 10^-4
Ribosom 

MolGen

Was macht die Ligase bei der DNA-Replikation und woher kommt die Energie dafür?
verknüpft 5' Phosphat mit 3' OH der Okazaki Fragmente
Energie kommt aus der Hydrolytischen Spaltung von ADP oder NADP

MolGen

Welche Enzymatische Aktivität besitzt die Primase?            
5'-3'-RNA-Polymeraseaktivität

MolGen

Homologe rekombination
a) Wozu dient HR? (3 Punkte)
b) Beschreibe knapp den Ablauf. Unterscheide dabei meiotische und mitotische Rekombination
c) wie kann HR für gezielten Einbau einer Sequenz ins Genom verwendet werden?
d) Welche Aussagen kann man über die länge der Homologie Arme machen ?
e) 4 Nachteile von HR-vermitteltem Genome Editing
f) Was kann man inhibitieren, um die Ausbeute an HR-Ereignissen zu steigern?
g) Wazu braucht man außerdem Selektions-Marker und Anti-Selektions-Marker?
h) Welche anderen Rekombinations-mechanismen kennen wir noch ?
i) Wie kann HR in e.coli vermehrt werden?
j) Anwendungen von homologer Rekombination
a) 1) Doppelstrangbruchreparatur 2) Integration des F-Plasmids in Bakterienchromosom 3) meiotische Rekombination
b) double-stand break - end resection - strand invasion (ein überstehendes Einzelstrangende lagert sich an homologe Sequenz) - DNA synthesis
  • i) Meiose: second end capture (andere Doppelstranghälfte wird anhand der anderen Vorlage hälfte komplementiert) - ligation - crossover oder non-crossover => Stück von homologem Chromosom wird "geklaut" und Lücke aufgefüllt.
  • ii) Mitose: stand displacement - annealing - DNA-synthesis - ligation => Vorlagesequenz bleibt unverändert
c) mit einem Targeting Vector = einzubauende Sequenz zwischen 2 homologie Armen: über die homologie Arme wird eine bestimmte Stelle im Genom angesteuert, durch Zufall kann der Targeting Vector dann anstatt eines Schwester-Chromatids eingebaut werden (nach einem Doppelstrangbruch)
d) Sie müssen sehr lang sein, damit möglichst viele spontane Doppelstrangbrüche aufgefangen werden können. Wenn man mit einer Designer Nuklease gezielte DSBrüche erzeugt, wird die HR effizienter und die Homologie Arme können kürzer sein.
e)
1) off-target Spaltung wegen zu geringer Spezifität der Nuklease führt zu unbeabsichtigter Mutagenese
2) Eindeutiges targeting in repetitiven Sequenzen schwierig
3) Eingluss der Chromatin Struktur am Target Locus
4) oft nicht effizient genug für homozygote Insertion
f) End-Joining
g) Selektions-Marker zum eliminieren von Zellen ohne eingebauten Targeting Vector, Anti-Selektions-Marker zum eliminieren von Zellen die mehr als den Targeting-Vector eingebaut haben (wenn nur ein Arm rekombiniert oder eine spontane Integration erfolgt)
h) Rekombination zwischen bakterieller und phagen-DNA:
-------cre-lox System (loxB/P - loxL/R) durch cre Rekombinase (aus Phage P1)
-------FLP-Rekombinase (aus yeast), FRT-Sequenz
-------BP' (attL) und PB'(attR) wird durch Excisionase (von Lambda Phage) rekombiniert zu BB' (attB)und PP' (attP) (Rückreaktion durch Integrase) => Klonierungen
-------irgendwas in Omega31-Phage => transgeneTiere
i) durch die 5'-3'-Exonuklease RecE oder Redalpha und Single strand binding proteins RecT oder Redbeta (funktioniert anscheinend auch für nicht-homologe Rekombination)
j) Ersetzen eines Gens in e.coli durch einen Selektionsmarker für Gnock out

MolGen

Welche Aufgabe erfüllt das rho-Protein?    
Beendigung der Transkiption

MolGen

Spleißen:
a) Welche Partikel sind beteiligt?
b) Wodurch wird die Reaktion gesteuert?
c) Werden immer die gleichen introns entfernt?
d) Wird die RNA verkürzt oder verlängert?
e) Wie viele Komponenten hat das Spliceosom und woraus bestehen sie?


a) snRNPs = small nuclear RiboNucleoProteinpartikel
b) Consensus-Sequenzen
c) Nein
d) verkürzt
e) 5 snRNPs = snRNA + Proteine

MolGen

Woraus besteht das Ribosom?    
RNA und Protein

MolGen

Translation:
a) Sequenz für die genaue Positionierung des Startcodons an der klienen UE? (Prokaryoten)
b) Enzym für den Einbau der richtigen AS?
c) Komponente des Ribosoms, das direkt an der Katalyse der Peptidbindung beteiligt ist?
d) Wie funktioniert die Termination?
a) Shine-Dalgarno Sequenz
b) Aminoacyl-tRNA-Synthetase
c) 23S rRNA
d) Terminationsfaktoren (Release Factors) erkennen direkt Stoppcodons, binden daran und führen zum Zerfall des Komplexes aus Ribosom, tRNA und Peptidkette

MolGen

Transkription in Prokaryonten:
a) Wo reguliert der Sigma Faktor?
b) Was passiert bei -10?
c) Wie und wo kann ein Promotor blockiert werden?
d) Kann ein einziger Promotor mehrere Gene regulieren?
e) Was bringt die 3'-5'-Exonukleaseaktivität der RNA-Polymerase?
a) -35
b) in AT-reichen -10 Regionen wird der Doppelstrang aufgeschmolzen
c) Im Bereich des Operators kann ein Promotor für die RNA-Polymerase blockiert werden
d) Ja
e) während der Elongation werden dadruch falsch eingebaute Nukleotide entfernt

MolGen

Was heißt polycistronisch und monocistronisch und welche (pro- oder eukaryotische) mRNA ist wie?
polycistronisch: mehrere Gene (meist desselben Stoffwechselwegs) auf einem Stück mRNA: bei Prokaryoten,
monocistronisch: nur ein Gen pro mRNA: Eukaryoten (wenn mehrere Gene, wird nur das erste Cistron translatiert

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