MolGen an der LMU München

Karteikarten und Zusammenfassungen für MolGen im Bioinformatik Studiengang an der LMU München in Augsburg

CitySTADT: Augsburg

CountryLAND: Deutschland

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Beispielhafte Karteikarten für MolGen an der LMU München auf StudySmarter:

Wie heißt DER Modellorganismus für Pflanzen (Kreuzblüter)?
5 Gründe, warum diese Pflanze so geeignet ist:

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Woraus besteht das Ribosom?    

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Aufbau eines Operons:

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Beschreibe Transformation der Prokaryoten

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Beschreibe Transduktion

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Homologe rekombination
a) Wozu dient HR? (3 Punkte)
b) Beschreibe knapp den Ablauf. Unterscheide dabei meiotische und mitotische Rekombination
c) wie kann HR für gezielten Einbau einer Sequenz ins Genom verwendet werden?
d) Welche Aussagen kann man über die länge der Homologie Arme machen ?
e) 4 Nachteile von HR-vermitteltem Genome Editing
f) Was kann man inhibitieren, um die Ausbeute an HR-Ereignissen zu steigern?
g) Wazu braucht man außerdem Selektions-Marker und Anti-Selektions-Marker?
h) Welche anderen Rekombinations-mechanismen kennen wir noch ?
i) Wie kann HR in e.coli vermehrt werden?
j) Anwendungen von homologer Rekombination

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Für das Einbringen von modifizierter DNA in eukaryontische Zellen werden mitunter auch veränderte Viren genutzt. Dazu muss der modifizierte Virus die Zellen infizieren und das genetische Material einbringen, es darf aber nicht zur viralen Replikation und damit zur Zerstörung der infizierten Zelle kommen. Wie wird das bei den experimentell genutzten Retro-Viren erreicht?

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Spleißen:
a) Welche Partikel sind beteiligt?
b) Wodurch wird die Reaktion gesteuert?
c) Werden immer die gleichen introns entfernt?
d) Wird die RNA verkürzt oder verlängert?
e) Wie viele Komponenten hat das Spliceosom und woraus bestehen sie?


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Transkription in Prokaryonten:
a) Wo reguliert der Sigma Faktor?
b) Was passiert bei -10?
c) Wie und wo kann ein Promotor blockiert werden?
d) Kann ein einziger Promotor mehrere Gene regulieren?
e) Was bringt die 3'-5'-Exonukleaseaktivität der RNA-Polymerase?

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MukBEF-Komplex
a) Aufgaben
b) Proteinfamilie
c) spezifische oder unspezifische Bindung von was ?

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Nennen Sie eine a) aromatische Aminosäure b) negativ geladene Aminosäure, die bei pH7 mit einer Seitenkette von Lysin eine Salzbrücke ausbilden kann c) schwefelhaltige Aminosäure

d) positv
e) hyroxyliert
f) hydrophob
g)hydrophil also alle geladenen also polare also alle mit oh Gruppe 

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Was führt bei der Sanger-Sequenzierung zum Kettenabbruch?

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MolGen

Wie heißt DER Modellorganismus für Pflanzen (Kreuzblüter)?
5 Gründe, warum diese Pflanze so geeignet ist:

Arabidopsis thaliana:
– einfache Kultur: 20-30cm, im Regal kultivierbar
– kurze Generationszeit: ca 2 Monate
– einfache Genetik: diploid, selbstbefruchtend
– sehr kleines Genom: 5 Chromosomen, nur 157 Mb
– genetisch transformierbar: floral dip (A. tumefaciens)

MolGen

Woraus besteht das Ribosom?    

RNA und Protein

MolGen

Aufbau eines Operons:

Promotor: Bindestelle für RNA-Polymerase
Operator: Bindestelle für Repressor
Strukturgene

MolGen

Beschreibe Transformation der Prokaryoten

Freie DNA aus dem umgebenen Medium wird aufgenommen

MolGen

Beschreibe Transduktion

Phagen übertragen DNA

MolGen

Homologe rekombination
a) Wozu dient HR? (3 Punkte)
b) Beschreibe knapp den Ablauf. Unterscheide dabei meiotische und mitotische Rekombination
c) wie kann HR für gezielten Einbau einer Sequenz ins Genom verwendet werden?
d) Welche Aussagen kann man über die länge der Homologie Arme machen ?
e) 4 Nachteile von HR-vermitteltem Genome Editing
f) Was kann man inhibitieren, um die Ausbeute an HR-Ereignissen zu steigern?
g) Wazu braucht man außerdem Selektions-Marker und Anti-Selektions-Marker?
h) Welche anderen Rekombinations-mechanismen kennen wir noch ?
i) Wie kann HR in e.coli vermehrt werden?
j) Anwendungen von homologer Rekombination

a) 1) Doppelstrangbruchreparatur 2) Integration des F-Plasmids in Bakterienchromosom 3) meiotische Rekombination
b) double-stand break – end resection – strand invasion (ein überstehendes Einzelstrangende lagert sich an homologe Sequenz) – DNA synthesis

  • i) Meiose: second end capture (andere Doppelstranghälfte wird anhand der anderen Vorlage hälfte komplementiert) – ligation – crossover oder non-crossover => Stück von homologem Chromosom wird „geklaut“ und Lücke aufgefüllt.
  • ii) Mitose: stand displacement – annealing – DNA-synthesis – ligation => Vorlagesequenz bleibt unverändert

c) mit einem Targeting Vector = einzubauende Sequenz zwischen 2 homologie Armen: über die homologie Arme wird eine bestimmte Stelle im Genom angesteuert, durch Zufall kann der Targeting Vector dann anstatt eines Schwester-Chromatids eingebaut werden (nach einem Doppelstrangbruch)
d) Sie müssen sehr lang sein, damit möglichst viele spontane Doppelstrangbrüche aufgefangen werden können. Wenn man mit einer Designer Nuklease gezielte DSBrüche erzeugt, wird die HR effizienter und die Homologie Arme können kürzer sein.
e)
1) off-target Spaltung wegen zu geringer Spezifität der Nuklease führt zu unbeabsichtigter Mutagenese
2) Eindeutiges targeting in repetitiven Sequenzen schwierig
3) Eingluss der Chromatin Struktur am Target Locus
4) oft nicht effizient genug für homozygote Insertion
f) End-Joining
g) Selektions-Marker zum eliminieren von Zellen ohne eingebauten Targeting Vector, Anti-Selektions-Marker zum eliminieren von Zellen die mehr als den Targeting-Vector eingebaut haben (wenn nur ein Arm rekombiniert oder eine spontane Integration erfolgt)
h) Rekombination zwischen bakterieller und phagen-DNA:
——-cre-lox System (loxB/P – loxL/R) durch cre Rekombinase (aus Phage P1)
——-FLP-Rekombinase (aus yeast), FRT-Sequenz
——-BP‘ (attL) und PB'(attR) wird durch Excisionase (von Lambda Phage) rekombiniert zu BB‘ (attB)und PP‘ (attP) (Rückreaktion durch Integrase) => Klonierungen
——-irgendwas in Omega31-Phage => transgeneTiere
i) durch die 5′-3′-Exonuklease RecE oder Redalpha und Single strand binding proteins RecT oder Redbeta (funktioniert anscheinend auch für nicht-homologe Rekombination)
j) Ersetzen eines Gens in e.coli durch einen Selektionsmarker für Gnock out

MolGen

Für das Einbringen von modifizierter DNA in eukaryontische Zellen werden mitunter auch veränderte Viren genutzt. Dazu muss der modifizierte Virus die Zellen infizieren und das genetische Material einbringen, es darf aber nicht zur viralen Replikation und damit zur Zerstörung der infizierten Zelle kommen. Wie wird das bei den experimentell genutzten Retro-Viren erreicht?

Die infektiöse (die für die Replikation zuständige) auf dem viralen Vektor mit der zu transferierenden Sequenz (und dem Verpackungssignal) wird deletiert.
Die fehlende Funktion wird in trans aus einer entsprechend modifizierten Verpackungszelllinie zur Verfügung gestellt. Dieser Gentransfer-Vektor (Helfer-Virus) enthält dagegen kein Verpackungssignal.
= Zwei-Komponenten-System

MolGen

Spleißen:
a) Welche Partikel sind beteiligt?
b) Wodurch wird die Reaktion gesteuert?
c) Werden immer die gleichen introns entfernt?
d) Wird die RNA verkürzt oder verlängert?
e) Wie viele Komponenten hat das Spliceosom und woraus bestehen sie?


a) snRNPs = small nuclear RiboNucleoProteinpartikel
b) Consensus-Sequenzen
c) Nein
d) verkürzt
e) 5 snRNPs = snRNA + Proteine

MolGen

Transkription in Prokaryonten:
a) Wo reguliert der Sigma Faktor?
b) Was passiert bei -10?
c) Wie und wo kann ein Promotor blockiert werden?
d) Kann ein einziger Promotor mehrere Gene regulieren?
e) Was bringt die 3'-5'-Exonukleaseaktivität der RNA-Polymerase?

a) -35
b) in AT-reichen -10 Regionen wird der Doppelstrang aufgeschmolzen
c) Im Bereich des Operators kann ein Promotor für die RNA-Polymerase blockiert werden
d) Ja
e) während der Elongation werden dadruch falsch eingebaute Nukleotide entfernt

MolGen

MukBEF-Komplex
a) Aufgaben
b) Proteinfamilie
c) spezifische oder unspezifische Bindung von was ?

a) kompaktiert DNA von Bakterien, vernetzt DNA,
b) Structural maintenance of chromosomes SMC
c) bindet DNA unspezifisch 

MolGen

Nennen Sie eine a) aromatische Aminosäure b) negativ geladene Aminosäure, die bei pH7 mit einer Seitenkette von Lysin eine Salzbrücke ausbilden kann c) schwefelhaltige Aminosäure

d) positv
e) hyroxyliert
f) hydrophob
g)hydrophil also alle geladenen also polare also alle mit oh Gruppe 

a)  Phenylalanin, Tryptophan
b) Aspartic Acid, Glutamat
c) Cystein, Methionin

d) Arginine, Lysin
e) Threonine, Serin, Tyrosin
f) Isoleucine, leucine, Valin
g) Arginin, His, Lysin

MolGen

Was führt bei der Sanger-Sequenzierung zum Kettenabbruch?

Didesoxynukleotide

Gradient

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