Computational Biology an der LMU München

Karteikarten und Zusammenfassungen für Computational Biology an der LMU München

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How is the e-value affected by the score?

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What is Homology?

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What is a Proceeding?

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PSI-Blast

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What are the advantages of Google scholar?

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What is Orthology?

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What are the disadvantages of Google Scholar?

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What is the gi number?

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What can you learn about your protein in Protparam?

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What is the E-value?


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What are the different symbols in the BLAST output?

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Beispielhafte Karteikarten für Computational Biology an der LMU München auf StudySmarter:

Computational Biology

How is the e-value affected by the score?

It decreases exponentially as the S of the match increases.

Computational Biology

What is Homology?

When two structures or sequences share more similarity than would be expected by chance

Computational Biology

What is a Proceeding?

A collection of academic papers published in the context of an academic conference or workshop.

Computational Biology

PSI-Blast

for distantly related proteins by virtue of low gap penalty in the algorithm

Computational Biology

What are the advantages of Google scholar?

  • Enormous database
  • Algorithm gives back a lot of results
  • Tolerant to spelling mistakes and typos

Computational Biology

What is Orthology?

Homologous sequences originating from the same ancestor and likely exhibiting the same function

Computational Biology

What are the disadvantages of Google Scholar?

  • Doesn't have a very good filtering function ( doesn't sort the results well)
  • Poor quality control system (you get back non peer-reviewed results)

Computational Biology

What is the gi number?

GenInfo Identifier. A GI number is a simple series of digits that are assigned consecutively to each sequence record processed by NCBI. The GI number bears no resemblance to the Version number of the sequence record. Each time a sequence record is changed, it is assigned a new GI number.

Computational Biology

What can you learn about your protein in Protparam?

  • Molecular Weight
  • Theoretical PI
  • Amino acid composition
  • Atomic composition
  • Extinction coefficient
  • Estimated half-life
  • Instability index
  • Aliphatic index
  • GRand AVerage of hYdropathicity (GRAVY)

Computational Biology

What is the E-value?


E-value or expect value is a parameter that describes the number of hits one can "expect" to see by chance when searching in a database of a particular size. The lower the E-value, or the closer it is to zero, the more "significant" the match is 

Computational Biology

What are the different symbols in the BLAST output?

- :gap

[gap] : mismatch

+: mismatch but with similar chemical properties

Computational Biology

What is Secondary literature?

Textbook and Encyclopedias. These provide a compilation, evaluation, and/or synthesis of previously published research. Very good for a general understanding of biological concepts.

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