Genomische Datenanalyse an der Johannes Kepler Universität Linz | Karteikarten & Zusammenfassungen

Lernmaterialien für Genomische Datenanalyse an der Johannes Kepler Universität Linz

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What is the query coverage? 


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“The amount of the query sequence, expressed as percent, that overlaps the subject sequence.”

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What is EST sequencing?


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Wird genutzt um Gene zu identifizieren EST (= expressed sequences tag):

Bei der EST Sequenzierung wird mRNA mittels reverser Transcriptase in cDNA umgeschrieben, welche sequenziert und anschließend mit der DNA verglichen wird. Oft liegt die cDNA bereits in cDNA Datenbanken vor. Beim Vergleich mit der DNA kann festgestellt werden wo das zugehörige Gen lokalisiert ist. (Vorsicht cDNA schaut nicht genauso aus wie DNA enthält z.B. keine Introns)

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How does NGS work? 


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  • DNA wird in einzelne Moleküle fragmentiert und mit Polymerase, Primer usw. in Gefäß gegeben  mittles PCR zu Kolonien vervielfältigt und in räumlicher Struktur angeordnet
  • Paralleles Analysieren und aufarbeiten auf Grund der räumlichen Struktur möglich.
  • Erkennung der Nukleotide auf Grund der unterschiedlichen Färbung der 4 Nukleotide möglich

 

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Which one of the following statements is WRONG regarding metagenomis?


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Metagenomics is performed with Sanger sequencing.

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What is comparative genomics or functional genomics? 


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comparative genomics: comparison of different genomes/individuals

functional genomics: comparison of the conservation of proteins

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What is the use of the genome sequence of model organisms? 


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the mainly used model organisms (mouse, fly) have similiar genomes to our own & by experimenting with their genomes, we can find out more about our own, without harming any humans

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How does real time PCR work? How can it be used for genotyping?


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Real time PCR is just like regular PCR but with additional intercalating dye, which binds to a random DNA fragment & fluorescents; the process is monitored in a specific thermocycler with a camera/sensor - which measures the increase of light & PCR products; the more fluorescence you observe, the more DNA you have

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What information can a genome provide in cases of epidemics? 


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Genomic sequencing reveals insights into origin

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How are differences in microsatellites measured? 


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PCR based assays:

-using flanking primers in proximity of the repeat and then distinguish different PCR product sizes

-Detection of different product sizes: via capillary electrophoresis (fluorescently labelled primer)

-Multiplexing: simultaneous separation and detection of more than one microsatellite region (each primer has its own fluorophore

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How is genomic sequences used to trace the spread of CoV2? 


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-Phylogenetic tree (transmission cluster share similar viral mutations)

-Visualize how virus spreads in time and space

- Monitor clusters (or sequence new outbreaks); where did the virus come from; map spread or seeding event

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What are the two main approaches to identify a coding sequence (gene) in a genome? 


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direct sequencing: mRNA or EST sequencing

indirect sequencing: Ab initio Gene Discovery (Codon bias)

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What is metagenomics? 


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Analysis of microbial genomics

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Q:

What is the query coverage? 


A:

“The amount of the query sequence, expressed as percent, that overlaps the subject sequence.”

Q:

What is EST sequencing?


A:

Wird genutzt um Gene zu identifizieren EST (= expressed sequences tag):

Bei der EST Sequenzierung wird mRNA mittels reverser Transcriptase in cDNA umgeschrieben, welche sequenziert und anschließend mit der DNA verglichen wird. Oft liegt die cDNA bereits in cDNA Datenbanken vor. Beim Vergleich mit der DNA kann festgestellt werden wo das zugehörige Gen lokalisiert ist. (Vorsicht cDNA schaut nicht genauso aus wie DNA enthält z.B. keine Introns)

Q:

How does NGS work? 


A:
  • DNA wird in einzelne Moleküle fragmentiert und mit Polymerase, Primer usw. in Gefäß gegeben  mittles PCR zu Kolonien vervielfältigt und in räumlicher Struktur angeordnet
  • Paralleles Analysieren und aufarbeiten auf Grund der räumlichen Struktur möglich.
  • Erkennung der Nukleotide auf Grund der unterschiedlichen Färbung der 4 Nukleotide möglich

 

Q:

Which one of the following statements is WRONG regarding metagenomis?


A:

Metagenomics is performed with Sanger sequencing.

Q:

What is comparative genomics or functional genomics? 


A:

comparative genomics: comparison of different genomes/individuals

functional genomics: comparison of the conservation of proteins

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Q:

What is the use of the genome sequence of model organisms? 


A:

the mainly used model organisms (mouse, fly) have similiar genomes to our own & by experimenting with their genomes, we can find out more about our own, without harming any humans

Q:

How does real time PCR work? How can it be used for genotyping?


A:

Real time PCR is just like regular PCR but with additional intercalating dye, which binds to a random DNA fragment & fluorescents; the process is monitored in a specific thermocycler with a camera/sensor - which measures the increase of light & PCR products; the more fluorescence you observe, the more DNA you have

Q:

What information can a genome provide in cases of epidemics? 


A:

Genomic sequencing reveals insights into origin

Q:

How are differences in microsatellites measured? 


A:

PCR based assays:

-using flanking primers in proximity of the repeat and then distinguish different PCR product sizes

-Detection of different product sizes: via capillary electrophoresis (fluorescently labelled primer)

-Multiplexing: simultaneous separation and detection of more than one microsatellite region (each primer has its own fluorophore

Q:

How is genomic sequences used to trace the spread of CoV2? 


A:

-Phylogenetic tree (transmission cluster share similar viral mutations)

-Visualize how virus spreads in time and space

- Monitor clusters (or sequence new outbreaks); where did the virus come from; map spread or seeding event

Q:

What are the two main approaches to identify a coding sequence (gene) in a genome? 


A:

direct sequencing: mRNA or EST sequencing

indirect sequencing: Ab initio Gene Discovery (Codon bias)

Q:

What is metagenomics? 


A:

Analysis of microbial genomics

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