Structural Biology an der Hochschule Bonn-Rhein-Sieg

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Covalent interactions

Disulfide bridges

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Loops

- Long

- Mostly no regular backbone interactions

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Different types of beta sheets

Parallel and Antiparallel beta sheets

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CATH =

- Classification: secondary structures

- Architecture: general arrangement of secondary structure

- Topology: fold level (connectivity)

- Homologuous superfamily

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Tertiary structure

- 3D structure of folded proteins

- Arrangement of secondary structures within a single protein chain

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Quartenary structure

- Assembly of 2 or more protein chains into a protien complex

- Homo/Hetero multimers possible to allow specific functions

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Location of ATP Synthase

In inner membrane of mitochondria

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Binding-change mechanism

- Loose: ADP & Pi are loosely bound at catalytic site

- Tight: Tight binding of substrates to allow ATP synthesis

- Open: Catalytic site opens & ATP is released

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Proton translocation of c-ring (3 steps)

1. proton enter subunit A through half-channel & protonate Glu

2. Interaction between Glu&Asn

3. Protonated Glu reaches 2nd half channel & releases protons

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Symmetry =

symmetrical operation leads to identical state to orginal state

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Symmetry operations

- Point of inversion

- Mirror plane

- Glide plane

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Space groups

Combination of Bravais lattice & symmetry

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