BBP/LuM an der Freie Universität Berlin

Karteikarten und Zusammenfassungen für BBP/LuM an der Freie Universität Berlin

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Welche unterschiedlichen Modellvorstellungen gab bzw. gibt es zum Aufbau der Plasmamembran?

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Welche unterschiedlichen Lipidmodifikationen gibt es und in welchem Zusammenhang stehen sie zur Lipid Raft-Affinität von Proteinen?

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Was bedeutet die gängige Abkürzung ALK6? Zu welcher Proteinfamilie gehört dieses Protein?

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Nenne Charakteristika von Lipid Rafts. Wieso "floaten" diese im Flotation Assay?

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Was ist der HA-Tag und wieso benutzen wir ihn?

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Was bedeutet Cofraktionierung und was ist der Unterschied zu Colokalisation?

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Welche Eigenschaften besitzen die Proteine Flotilin2 und Caveolin1 und wofür verwenden wir sie im Versuch?

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Welche Bestandteile enthält das Zellkulturmedium?

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Wie wird der pH-Wert des Zellmediums gepuffert und was dient als Indikator?

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Inwiefern würde die Verwendung von falsch konzentriertem CHAPS das Ergebnis des Versuches beeinflussen?

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Wozu braucht man Trypanblau?

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Wie funktioniert eine PFA-Fixierung und wie das sogenannte Quenchen?

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Beispielhafte Karteikarten für BBP/LuM an der Freie Universität Berlin auf StudySmarter:

BBP/LuM

Welche unterschiedlichen Modellvorstellungen gab bzw. gibt es zum Aufbau der Plasmamembran?

- Lipiddoppelschicht

- Proteinsandwich

- Flüssig-Mosaik-Modell

- Erweiterung des FM-Modells (laterale Mobilität, Cytoskelett-Assoziation, variierende Krümmung und Dicke, Proteininteraktion und Interaktion mit ECM)

- Fences and Pickets-Modell

- Nanodomänen (Lipid Rafts)


BBP/LuM

Welche unterschiedlichen Lipidmodifikationen gibt es und in welchem Zusammenhang stehen sie zur Lipid Raft-Affinität von Proteinen?

- DRM-assoziiert: GPI-Anker, Myristoylierung, Palmitoylierung

- DRM-fremd: Prenylierung (z.B. Farnesylierung)

BBP/LuM

Was bedeutet die gängige Abkürzung ALK6? Zu welcher Proteinfamilie gehört dieses Protein?

Activin-like Kinase 6 --> BMP-Rezeptor Typ I --> Rezeptor-Serin/Threonin-Kinase

BBP/LuM

Nenne Charakteristika von Lipid Rafts. Wieso "floaten" diese im Flotation Assay?

- höhere Schmelztemperatur --> rigide

- spezielle Lipidzusammensetzung (mehr gesättigte Fettsäuren, Sphinolipide, Cholesterin, höhere Proteinkonzentration, viele Proteine mit Lipid-Anker)

- dynamisch hinsichtlich Bildung und Zerfall

-  breiter als restliche Membran


Lipid Rafts werden durch milde Detergenzienbedingungen nicht aufgelöst --> enthalten im Gegensatz zu non-DRM-Proteinen noch Lipide --> geringere Dichte als reines Protein --> "Floaten"

BBP/LuM

Was ist der HA-Tag und wieso benutzen wir ihn?

- HA-Tag: Bestandteil von Hämagglutinin --> Epitop von käuflich erwerbbaren AK

- HA-Tag erlaubt spezifische Detektion über AK

- transiente Transfektion von HA-Tag erlaubt die Detektion von nur dem rekombinanten Protein, nicht aber von endogenem --> keine Verfälschung durch endogenes Protein


BBP/LuM

Was bedeutet Cofraktionierung und was ist der Unterschied zu Colokalisation?

Cofraktionierung: gemeinsame Fraktionierung von verschiedenen Komponenten (z.B. DRMs --> Flotilin2 und ALK2 liegen in gleicher Fraktion vor)

Colokalisation: zelluläre Lokalisation von verschiedenen Komponenten ist korreliert/identisch

BBP/LuM

Welche Eigenschaften besitzen die Proteine Flotilin2 und Caveolin1 und wofür verwenden wir sie im Versuch?

- Flotilin2 und Caveolin1 sind beide Lipid Raft-assoziiert --> mögliche Endozytose

- Intramembrandomänen

- werden im Versuch als Marker für bestimmte Subformen von Lipid Rafts verwendet --> Nachweis, das kofraktionierte oder kolokalisierte Proteine wahrscheinlich ebenfalls an Lipid Rafts assoziiert sind

BBP/LuM

Welche Bestandteile enthält das Zellkulturmedium?

- FCS: Fetal Calf Serum --> Komplexmedium (Aminosäuren, Salze, Vitamine, Puffer, etc.)

- es muss noch L-Glutamin dazugegeben werden

- häufig auch Antibiotika zur Verminderung des Kontaminationsrisikos (Penstrept)


BBP/LuM

Wie wird der pH-Wert des Zellmediums gepuffert und was dient als Indikator?

- Natriumhydrogencarbonat-Puffer (pH 7,2)

- Indikator: Phenolrot

BBP/LuM

Inwiefern würde die Verwendung von falsch konzentriertem CHAPS das Ergebnis des Versuches beeinflussen?

- zu gering konzentriert: Membran löst sich nicht auf -->  alle Proteine in Zellen und damit in gleicher physikalischer Phase (hohe Dichte oder eher gering?)

- zu hoch konzentriert: Lysebedingungen sind stark genug um auch DRMs aufzulösen --> alle Proteine befinden sich bei höherer Dichte ohne assoziierte Lipide

BBP/LuM

Wozu braucht man Trypanblau?

- tote Zellen nehmen Trypanblau auf --> erlaubt Identifikation dieser unter dem Mikroskop und Unterscheidung zu lebenden Zellen

BBP/LuM

Wie funktioniert eine PFA-Fixierung und wie das sogenannte Quenchen?

- PFA führt zu Crosslinking von Proteinen über verschiedene Reaktionen mit AS-Seitenketten

- Quenchen über Überschuss an NH4Cl

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