Genexpression an der Fachhochschule Campus Wien | Karteikarten & Zusammenfassungen

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TESTE DEIN WISSEN

Rosetten-Modell

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-von zentralem Punkt strahlen ca. 100 DNA-Schlaufen aus

-für Verdichtung bakterieller genomischer DNA

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Was sind NaPs? +Aufzählen

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=Nucleoid-assciated proteins -> steuern Chromosomenfaltung in Prokaryonten; ähnlich den Histonen in Eukaryonten

-HU

-H-NS

-IHF

-FIS

-SMCs

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Was ist ein Nukleoid?

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=Kernäquivalent -> jener Bereich einer prokaryontischen Zelle, der von der DNA ausgefüllt ist -> wird nicht von Membran umgrenzt

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Korrelation zwischen Genomgröße und ORFs 

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Nur bei Prokaryonten, pro 1 Mbp 1000 ORFs

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IHF (Abkürzung+Funktion)

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=integration host factor

- kleines heterodimeres Protein

- bindet sequenzspezifisch in minor-groove

- induziert große Biegung bis zu 160° -> stabilisiert untersch. DNA-Konformationen die für untersch. bakterielle Prozesse erforderlich sind


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FIS (Abkürzung+Funktion) 

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=factor for inversion stimulation

- verantwortlich für sequenzspezifische homologe Rekombination

- kleines basisches DNA-biegendes Protein

- kann eigene Synthese unterdrücken

- bindet DNA als Dimer mittel Helix-turn-Helix-Motif

- erkennt 15bp langes DNA-Palindrom

- Grad der Biegung zw. 50 - 90° -> abhängig von flankierenden DNA-Sequenzen

- häufig an Stellen gefunden wo sich DNA-Doppelstränge kreuzen

- kann Plektoneme in supercoiled DNA stabilisieren




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Was sind Plektoneme?

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= Schleifen von Nukleinsäuren, die so ineinander verdrillt sind, dass sie nicht getrennt werden können ohne zu zerbrechen

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HU (Abkürzung+Funktion)

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=Heat unstable

- kleines basisches Protein

- induziert durch unspezifische DNA-Bindung negatives Supercoiling-> induziert das Aufwickeln der DNA um die gebundenen Proteine um Filamente zu bilden

- kann auch an RNA binden

- hochkonserviert in Prokaryonten aber auch in Eukaryonten zu finden

- 40% Sequenzidentität mit IHF

- bildet Heterodimere aus alpha- und beta-Untereinheiten (manchmal auch Homodimere)

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Kondensin & Kohäsin

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= 2 hochkonservierte Komplexe

- binden DNA-Loci innerhalb eines einzelnen DNA-Moleküls zusammen, um DNA-Schleifen zu erzeugen

- Kondesin: verdichtet Chromosomen während Mitose

-Kohäsin-vermittelte Schleifen (als TADs (=topologisch assoziierte Domäne) bezeichnet) halten Schwesterchromatiden zusammen

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DNA-Supercoiling

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- negativ: rechtsgängig

- positiv: linksgängig

- DNA in Zellen negativ supercoiled

- in Eukaryonten verursacht durch Nucleosomen

- relaxed durch Topoisomerasen

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Welche DNA-H-NS Komplexe behindern die RNA-Polymerase?

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Gebridgte DNA-H-NS-DNA-Komplexe

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Mehrstufige Organisation von bakteriellem Chromatin

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bakterielle Genom entlang der langen Zellachse helix-förmig länglich gefaltet -> in Makrodomänen unterteilt -> bestehen aus chromosomalen Interaktionsdomänen und hochdichten chromosomalen Regionen -> bestehen aus Mikrodomänen

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Q:

Rosetten-Modell

A:

-von zentralem Punkt strahlen ca. 100 DNA-Schlaufen aus

-für Verdichtung bakterieller genomischer DNA

Q:

Was sind NaPs? +Aufzählen

A:

=Nucleoid-assciated proteins -> steuern Chromosomenfaltung in Prokaryonten; ähnlich den Histonen in Eukaryonten

-HU

-H-NS

-IHF

-FIS

-SMCs

Q:

Was ist ein Nukleoid?

A:

=Kernäquivalent -> jener Bereich einer prokaryontischen Zelle, der von der DNA ausgefüllt ist -> wird nicht von Membran umgrenzt

Q:

Korrelation zwischen Genomgröße und ORFs 

A:

Nur bei Prokaryonten, pro 1 Mbp 1000 ORFs

Q:

IHF (Abkürzung+Funktion)

A:

=integration host factor

- kleines heterodimeres Protein

- bindet sequenzspezifisch in minor-groove

- induziert große Biegung bis zu 160° -> stabilisiert untersch. DNA-Konformationen die für untersch. bakterielle Prozesse erforderlich sind


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Q:

FIS (Abkürzung+Funktion) 

A:

=factor for inversion stimulation

- verantwortlich für sequenzspezifische homologe Rekombination

- kleines basisches DNA-biegendes Protein

- kann eigene Synthese unterdrücken

- bindet DNA als Dimer mittel Helix-turn-Helix-Motif

- erkennt 15bp langes DNA-Palindrom

- Grad der Biegung zw. 50 - 90° -> abhängig von flankierenden DNA-Sequenzen

- häufig an Stellen gefunden wo sich DNA-Doppelstränge kreuzen

- kann Plektoneme in supercoiled DNA stabilisieren




Q:

Was sind Plektoneme?

A:

= Schleifen von Nukleinsäuren, die so ineinander verdrillt sind, dass sie nicht getrennt werden können ohne zu zerbrechen

Q:

HU (Abkürzung+Funktion)

A:

=Heat unstable

- kleines basisches Protein

- induziert durch unspezifische DNA-Bindung negatives Supercoiling-> induziert das Aufwickeln der DNA um die gebundenen Proteine um Filamente zu bilden

- kann auch an RNA binden

- hochkonserviert in Prokaryonten aber auch in Eukaryonten zu finden

- 40% Sequenzidentität mit IHF

- bildet Heterodimere aus alpha- und beta-Untereinheiten (manchmal auch Homodimere)

Q:

Kondensin & Kohäsin

A:

= 2 hochkonservierte Komplexe

- binden DNA-Loci innerhalb eines einzelnen DNA-Moleküls zusammen, um DNA-Schleifen zu erzeugen

- Kondesin: verdichtet Chromosomen während Mitose

-Kohäsin-vermittelte Schleifen (als TADs (=topologisch assoziierte Domäne) bezeichnet) halten Schwesterchromatiden zusammen

Q:

DNA-Supercoiling

A:

- negativ: rechtsgängig

- positiv: linksgängig

- DNA in Zellen negativ supercoiled

- in Eukaryonten verursacht durch Nucleosomen

- relaxed durch Topoisomerasen

Q:

Welche DNA-H-NS Komplexe behindern die RNA-Polymerase?

A:

Gebridgte DNA-H-NS-DNA-Komplexe

Q:

Mehrstufige Organisation von bakteriellem Chromatin

A:

bakterielle Genom entlang der langen Zellachse helix-förmig länglich gefaltet -> in Makrodomänen unterteilt -> bestehen aus chromosomalen Interaktionsdomänen und hochdichten chromosomalen Regionen -> bestehen aus Mikrodomänen

Genexpression

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