GENOMIKA I PROTEOMIKA at University Of Zagreb | Flashcards & Summaries

Select your language

Suggested languages for you:
Log In Start studying!

Lernmaterialien für GENOMIKA I PROTEOMIKA an der University of Zagreb

Greife auf kostenlose Karteikarten, Zusammenfassungen, Übungsaufgaben und Altklausuren für deinen GENOMIKA I PROTEOMIKA Kurs an der University of Zagreb zu.

TESTE DEIN WISSEN

Kako dijelimo genomiku?

Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN

Na strukturnu i funkcionalnu.

Lösung ausblenden
TESTE DEIN WISSEN

Koje 2 tehnike koristi FUNKCIONALNA GENOMIKA ?

Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN

1. NORTHERN BLOTTING ( RNA/DNA)

2. DNA microarray- otkriva u kojim stanicama je gen eksprimiran pa se na temelju toga zaključuje njegova funkcija...

Lösung ausblenden
TESTE DEIN WISSEN

FIZIČKA vs. GENETIČKA MAPA?

Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN

FIZIČKA= daje informaciju o pravoj fizičkoj udaljenosti određenih parova baza

              = temelji:  direktno sekvenciranje molekule DNA (nekad Sanger, danas next generation   sequencing) 

  • shotgun metoda služi za izradu takve karte ( nasumično razrežemo genom, preklapanjem određenih regija ustanovimo u kojem su dijelu genoma pripadali i tako rekonstruiramo kompletnu DNA sekvencu pomoću fragmenata)

GENETIČKA= daje nam točan položaj gena i njihove udaljenosti u cM

                     = temelji se na vezanosti gena i postotku rekombinacije

                     = ORF (open reading frame) = metoda kojom tražimo gene koji kodiraju za proteine.... cilj je pronaći sekvencu koja počinje STAR kodonom i ne završava prerano sa STOP kodonom kako bi se uvjerili da ona uistinu može kodirati za protein)


Lösung ausblenden
TESTE DEIN WISSEN

ORF ?

= open reading frame

Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN

Tehnika koju koristimo kada tražimo koji to gen kodira za neki protein !

Dakle, fokus je na sekvenci DNA, tj. genu.

Stoga, :

  1. pronađemo START kodon
  2. we make sure da je sekvenca dovoljno duga da  ne sadrži prerano STOP kodon kako bi mogla kodirati za taj protein...
Lösung ausblenden
TESTE DEIN WISSEN

99,99 % ljudskog genoma je identično, no ovih 0,1 % je drukčije u svih ljudi.

Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN

TOČNO

Lösung ausblenden
TESTE DEIN WISSEN

Svi proteini u stanicama pokazuju određene polimorfizme, no nikako to ne nazivamo mutacijama jer su prisutni u više od 1% populacije.

Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN

TOČNO- zbog toga ljudi različito reagiraju na isti lijek

Lösung ausblenden
TESTE DEIN WISSEN

U ljudskom genomu otprilike 25 % nose INTRONI, a osim njih veliki udio čine i VISOKO PONAVLJAJUĆI NEKODIRAJUĆI SLIJEDOVI DNA.

Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN

OK, dakle:

2 bitna dijela nekodirajuće DNA su INTRONI i visoko ponavljajuće sekvence!

Lösung ausblenden
TESTE DEIN WISSEN

TRANSPOZONI ?

= odsječak DNA dužine 300 pb do 6,5 kb koji se može izrezati i zalijepiti ili kopirati i zalijepiti

Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN

2 vrste:

1. DNA TRANSPOZONI

  •  "cut and paste"
  • imaju gen za enzim transpozaza koji se veže za oba kraja tog transpozona
  • enzim transpozaza izreže određen slijed nukleotida i premjest ga na neko drugo mjesto gdje je također prije izrezala nukleotide

2. RETROTRANSPOZONI

= " copy and paste " ----> kratke DNA sekvence koje prvo naprave mRNA, imaju u sebi gen za enzim reverzna transkriptaza koja će pretvoriti RNA nastalu transkripcijom u DNA i onda će se ona ubaciti na neko drugo mjesto u DNA molekuli ===>> dobili smo RETROTRANSPOZON !

  • ERV ( endogeni retrovirusi)
    • endogeni su jer se ugrade u genom spolnih stanica i tako nasljeđuju
    • sadrže LTR ( retroviral like long terminal repeats) = ponavljajuće sekvence
  • neviralni transpozoni
    • LINE = visoko ponavljajući dugi + raspršeni elementi
    • SINE= visoko ponavljajući kratki + raspršeni elementi
      • DNA sekvence koje su nekada bile RNA molekule, ali ih je reverzna transkriptaza prepisala u cDNA i ugradila u genom  ( ta RNA je trebala stvoriti neki protein prije nego je se rev. transk. dočepala )
      • Alu sekvenca je najčešća ( 300 pb)
Lösung ausblenden
TESTE DEIN WISSEN

Transpozoni mogu mutirati.

Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN

TOČNO- ako nisu kontrolirani našom staničnom regulacijom, insercija u funkcionalni gen ili regulatornu sekvencu

Lösung ausblenden
TESTE DEIN WISSEN

MUTACIJE TRANSPOZONA? 

Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN
  1. INSERCIJA U FUNKCIONALNI GEN
    • napuštanjem gena ostavljaju iza sebe rupu i time čine nepopravljivu štetu...
  2. INSERCIJA U INTRON/PROMOTOR/ENHANCER...
    • remete aktivnost gena
Lösung ausblenden
TESTE DEIN WISSEN

Oko 90 % 5mC nalazi se u RETROtranspozonima. 

Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN

TOČNO- gubitkom metilacije geni postaju aktivni i postoji mogućnost razvoja mutacije, na ovaj način se stanica štiti

Lösung ausblenden
TESTE DEIN WISSEN

Kako se stanica štiti od mutiranih transpozona?

Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN

1. METILACIJA DNA

  • preko 90 % 5mC nalazi se upravo u RETROtranspozonima; metiliramo promotor, gubitkom metilacije aktivirali transpozone i  otvorili mogućnost pojave mutacije !

2. NEKODIRAJUĆE RNA ( micro RNA i siRNA)

= POANTA: stvorili smo dvolančanu RNA i onemogućili stvaranje defektnog proteina koji bi ionako nastao od muitranog transpozona...

  • micro RNA= parcijalna hibridizacija, tj. komplementarnost
    • inhibira TRANSLACIJU !
  • siRNA= potpuna hibridizacija, tj. komplementarnost
    • razgradi RNA ( RISC, Dicer) inhibira TRANSKRIPCIJU !
Lösung ausblenden
  • 10447 Karteikarten
  • 405 Studierende
  • 13 Lernmaterialien

Beispielhafte Karteikarten für deinen GENOMIKA I PROTEOMIKA Kurs an der University of Zagreb - von Kommilitonen auf StudySmarter erstellt!

Q:

Kako dijelimo genomiku?

A:

Na strukturnu i funkcionalnu.

Q:

Koje 2 tehnike koristi FUNKCIONALNA GENOMIKA ?

A:

1. NORTHERN BLOTTING ( RNA/DNA)

2. DNA microarray- otkriva u kojim stanicama je gen eksprimiran pa se na temelju toga zaključuje njegova funkcija...

Q:

FIZIČKA vs. GENETIČKA MAPA?

A:

FIZIČKA= daje informaciju o pravoj fizičkoj udaljenosti određenih parova baza

              = temelji:  direktno sekvenciranje molekule DNA (nekad Sanger, danas next generation   sequencing) 

  • shotgun metoda služi za izradu takve karte ( nasumično razrežemo genom, preklapanjem određenih regija ustanovimo u kojem su dijelu genoma pripadali i tako rekonstruiramo kompletnu DNA sekvencu pomoću fragmenata)

GENETIČKA= daje nam točan položaj gena i njihove udaljenosti u cM

                     = temelji se na vezanosti gena i postotku rekombinacije

                     = ORF (open reading frame) = metoda kojom tražimo gene koji kodiraju za proteine.... cilj je pronaći sekvencu koja počinje STAR kodonom i ne završava prerano sa STOP kodonom kako bi se uvjerili da ona uistinu može kodirati za protein)


Q:

ORF ?

= open reading frame

A:

Tehnika koju koristimo kada tražimo koji to gen kodira za neki protein !

Dakle, fokus je na sekvenci DNA, tj. genu.

Stoga, :

  1. pronađemo START kodon
  2. we make sure da je sekvenca dovoljno duga da  ne sadrži prerano STOP kodon kako bi mogla kodirati za taj protein...
Q:

99,99 % ljudskog genoma je identično, no ovih 0,1 % je drukčije u svih ljudi.

A:

TOČNO

Mehr Karteikarten anzeigen
Q:

Svi proteini u stanicama pokazuju određene polimorfizme, no nikako to ne nazivamo mutacijama jer su prisutni u više od 1% populacije.

A:

TOČNO- zbog toga ljudi različito reagiraju na isti lijek

Q:

U ljudskom genomu otprilike 25 % nose INTRONI, a osim njih veliki udio čine i VISOKO PONAVLJAJUĆI NEKODIRAJUĆI SLIJEDOVI DNA.

A:

OK, dakle:

2 bitna dijela nekodirajuće DNA su INTRONI i visoko ponavljajuće sekvence!

Q:

TRANSPOZONI ?

= odsječak DNA dužine 300 pb do 6,5 kb koji se može izrezati i zalijepiti ili kopirati i zalijepiti

A:

2 vrste:

1. DNA TRANSPOZONI

  •  "cut and paste"
  • imaju gen za enzim transpozaza koji se veže za oba kraja tog transpozona
  • enzim transpozaza izreže određen slijed nukleotida i premjest ga na neko drugo mjesto gdje je također prije izrezala nukleotide

2. RETROTRANSPOZONI

= " copy and paste " ----> kratke DNA sekvence koje prvo naprave mRNA, imaju u sebi gen za enzim reverzna transkriptaza koja će pretvoriti RNA nastalu transkripcijom u DNA i onda će se ona ubaciti na neko drugo mjesto u DNA molekuli ===>> dobili smo RETROTRANSPOZON !

  • ERV ( endogeni retrovirusi)
    • endogeni su jer se ugrade u genom spolnih stanica i tako nasljeđuju
    • sadrže LTR ( retroviral like long terminal repeats) = ponavljajuće sekvence
  • neviralni transpozoni
    • LINE = visoko ponavljajući dugi + raspršeni elementi
    • SINE= visoko ponavljajući kratki + raspršeni elementi
      • DNA sekvence koje su nekada bile RNA molekule, ali ih je reverzna transkriptaza prepisala u cDNA i ugradila u genom  ( ta RNA je trebala stvoriti neki protein prije nego je se rev. transk. dočepala )
      • Alu sekvenca je najčešća ( 300 pb)
Q:

Transpozoni mogu mutirati.

A:

TOČNO- ako nisu kontrolirani našom staničnom regulacijom, insercija u funkcionalni gen ili regulatornu sekvencu

Q:

MUTACIJE TRANSPOZONA? 

A:
  1. INSERCIJA U FUNKCIONALNI GEN
    • napuštanjem gena ostavljaju iza sebe rupu i time čine nepopravljivu štetu...
  2. INSERCIJA U INTRON/PROMOTOR/ENHANCER...
    • remete aktivnost gena
Q:

Oko 90 % 5mC nalazi se u RETROtranspozonima. 

A:

TOČNO- gubitkom metilacije geni postaju aktivni i postoji mogućnost razvoja mutacije, na ovaj način se stanica štiti

Q:

Kako se stanica štiti od mutiranih transpozona?

A:

1. METILACIJA DNA

  • preko 90 % 5mC nalazi se upravo u RETROtranspozonima; metiliramo promotor, gubitkom metilacije aktivirali transpozone i  otvorili mogućnost pojave mutacije !

2. NEKODIRAJUĆE RNA ( micro RNA i siRNA)

= POANTA: stvorili smo dvolančanu RNA i onemogućili stvaranje defektnog proteina koji bi ionako nastao od muitranog transpozona...

  • micro RNA= parcijalna hibridizacija, tj. komplementarnost
    • inhibira TRANSLACIJU !
  • siRNA= potpuna hibridizacija, tj. komplementarnost
    • razgradi RNA ( RISC, Dicer) inhibira TRANSKRIPCIJU !
GENOMIKA I PROTEOMIKA

Erstelle und finde Lernmaterialien auf StudySmarter.

Greife kostenlos auf tausende geteilte Karteikarten, Zusammenfassungen, Altklausuren und mehr zu.

Jetzt loslegen

Das sind die beliebtesten GENOMIKA I PROTEOMIKA Kurse im gesamten StudySmarter Universum

Proteins

Mindanao State University - Iligan Institute of Technology

Zum Kurs
Proteine

Justus-Liebig-Universität Gießen

Zum Kurs
Human Genome Project

Universiti Kuala Lumpur

Zum Kurs
Genomics

St. George's University

Zum Kurs
Genómica e proteómica

Universidade de Tras-os-Montes e Alto Douro

Zum Kurs

Die all-in-one Lernapp für Studierende

Greife auf Millionen geteilter Lernmaterialien der StudySmarter Community zu
Kostenlos anmelden GENOMIKA I PROTEOMIKA
Erstelle Karteikarten und Zusammenfassungen mit den StudySmarter Tools
Kostenlos loslegen GENOMIKA I PROTEOMIKA