Bioinformatik at Universität Regensburg | Flashcards & Summaries

Lernmaterialien für Bioinformatik an der Universität Regensburg

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TESTE DEIN WISSEN


Was kann man mit Hilfe von bioinformatischen Methoden bestimmen?

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TESTE DEIN WISSEN

➔Möglichst komplette Beschreibung der Stoffwechselleistungen mit bioinformatischen Methoden

➔ Lage der Gene und ihre Funktion idR bioinformatisch bestimmt! 


  • Bestimmen von Konstanten
    (Curve-fitting)
  • Darstellung von Plasmiden,
    Planung von Experimenten
  • Zeitliche Verlauf der Evolution
    kann aus den Sequenzen mit
    bioinformatischen Methoden
    abgeleitet werden
  • Exaktes Modellieren der
    Substratbindung möglich, wenn 3D-
    Struktur bekannt ist; 
  • ->Planen von Mutationsexperimenten möglich
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TESTE DEIN WISSEN

Kann die Proteindynamik simuliert werden?

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TESTE DEIN WISSEN

ja, liefert Einblicke in die Kinetik

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TESTE DEIN WISSEN

warum ist Bioinformatik ein essenzieller Teil der Forschung?

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TESTE DEIN WISSEN
  • sämtliches Wissen in Datenbanken gespeichert ist,
    auf die mit ausgefeilten Methoden zugegriffen wird
  • zu analysierende Datensätze so groß geworden sind,
    sodass sie per Hand nicht ausgewertet werden können
  • die Bioinformatik Fragestellungen bearbeiten kann,
    die experimentell nicht zugänglich sind
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TESTE DEIN WISSEN

was sind Objekte in der Biologie?

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TESTE DEIN WISSEN

Nukleotid, Proteinsequenz, 3D-Struktur, komplettes Chromosom, …


Einfachste Objekte bestehen aus
Namen und Wert.

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TESTE DEIN WISSEN

was sind Graphen?

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TESTE DEIN WISSEN

Ein Konzept, um Relationen (Beziehungen) zwischen Objekten darzustellen.


Beispiele:
Chemische Strukturformeln, metabolische Netzwerke, Taxonomiebäume

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TESTE DEIN WISSEN

was bedeutet Klassifikation?

Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN

Klassifikation, d. h.
Einteilung von Objekten x in (zwei) Klassen 

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TESTE DEIN WISSEN

was ist der Unterschied zwischen Klassen und Objekten?

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TESTE DEIN WISSEN

Klassen gruppieren Objekte

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TESTE DEIN WISSEN

worauf beruht die Bayessche Klasifikation?

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TESTE DEIN WISSEN

"Lernen aus Erfahrung"


Wahrscheinlichkeit berechnen für das Auftreten von der Emition der Sequenz x unter gegeben der Voraussetzung der Klasse i. 



Lösung ausblenden
TESTE DEIN WISSEN

was bezeichnet man als Annotation

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TESTE DEIN WISSEN

Dies ist eine Zuweisung, also Gen x hat Funktion y

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TESTE DEIN WISSEN

wie konnte man bei der Ehec Epedimie 2011 diejenigen Gene finden, die für die Pathogenität verantwortlich sind?

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TESTE DEIN WISSEN

Idee: Sequenzvergelich zwischen nicht-pathogenem und pathogenem Stamm, um zusätzliche Gene zu identifizieren.

Und die zusätzlichen Gene sind wahrscheinlich für die Pathogenität verantwortlich

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TESTE DEIN WISSEN

kann man spezies-spezifische Gene identifizieren?

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TESTE DEIN WISSEN

ja

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TESTE DEIN WISSEN

Was bedeutet es, dass die Natur ein Bastler ist?

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TESTE DEIN WISSEN

Auch in homologen Sequenzen finden sich nicht hoch konservierte Sequenzen, da Proteine nicht geplant wurden, sondern aus Vorgängern entstanden sind (Evolution).

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Q:


Was kann man mit Hilfe von bioinformatischen Methoden bestimmen?

A:

➔Möglichst komplette Beschreibung der Stoffwechselleistungen mit bioinformatischen Methoden

➔ Lage der Gene und ihre Funktion idR bioinformatisch bestimmt! 


  • Bestimmen von Konstanten
    (Curve-fitting)
  • Darstellung von Plasmiden,
    Planung von Experimenten
  • Zeitliche Verlauf der Evolution
    kann aus den Sequenzen mit
    bioinformatischen Methoden
    abgeleitet werden
  • Exaktes Modellieren der
    Substratbindung möglich, wenn 3D-
    Struktur bekannt ist; 
  • ->Planen von Mutationsexperimenten möglich
Q:

Kann die Proteindynamik simuliert werden?

A:

ja, liefert Einblicke in die Kinetik

Q:

warum ist Bioinformatik ein essenzieller Teil der Forschung?

A:
  • sämtliches Wissen in Datenbanken gespeichert ist,
    auf die mit ausgefeilten Methoden zugegriffen wird
  • zu analysierende Datensätze so groß geworden sind,
    sodass sie per Hand nicht ausgewertet werden können
  • die Bioinformatik Fragestellungen bearbeiten kann,
    die experimentell nicht zugänglich sind
Q:

was sind Objekte in der Biologie?

A:

Nukleotid, Proteinsequenz, 3D-Struktur, komplettes Chromosom, …


Einfachste Objekte bestehen aus
Namen und Wert.

Q:

was sind Graphen?

A:

Ein Konzept, um Relationen (Beziehungen) zwischen Objekten darzustellen.


Beispiele:
Chemische Strukturformeln, metabolische Netzwerke, Taxonomiebäume

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Q:

was bedeutet Klassifikation?

A:

Klassifikation, d. h.
Einteilung von Objekten x in (zwei) Klassen 

Q:

was ist der Unterschied zwischen Klassen und Objekten?

A:

Klassen gruppieren Objekte

Q:

worauf beruht die Bayessche Klasifikation?

A:

"Lernen aus Erfahrung"


Wahrscheinlichkeit berechnen für das Auftreten von der Emition der Sequenz x unter gegeben der Voraussetzung der Klasse i. 



Q:

was bezeichnet man als Annotation

A:

Dies ist eine Zuweisung, also Gen x hat Funktion y

Q:

wie konnte man bei der Ehec Epedimie 2011 diejenigen Gene finden, die für die Pathogenität verantwortlich sind?

A:

Idee: Sequenzvergelich zwischen nicht-pathogenem und pathogenem Stamm, um zusätzliche Gene zu identifizieren.

Und die zusätzlichen Gene sind wahrscheinlich für die Pathogenität verantwortlich

Q:

kann man spezies-spezifische Gene identifizieren?

A:

ja

Q:

Was bedeutet es, dass die Natur ein Bastler ist?

A:

Auch in homologen Sequenzen finden sich nicht hoch konservierte Sequenzen, da Proteine nicht geplant wurden, sondern aus Vorgängern entstanden sind (Evolution).

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