Molekulare Prinzipien Mol.-EW Und EM at Universität Hohenheim | Flashcards & Summaries

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Lernmaterialien für Molekulare Prinzipien Mol.-EW und EM an der Universität Hohenheim

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TESTE DEIN WISSEN

Wie viele BP hat das bakterielle Genom? Wie viele davon sind kodierend? Für wie viele Gene kodieren sie?

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TESTE DEIN WISSEN
  • 3 Mio BP
  • alle kodieren, bakterielle DNA hat keine junkDNA
  • 3.000 Gene
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TESTE DEIN WISSEN

Welche zwei Herausforderungen gibt es häufig bei der Sequenzierung?

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TESTE DEIN WISSEN
  1. Sequenz Reads sind normalerweise kürzer als die Zielsequenz
  2. Hohe Fehlerrate (<0.1%)
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TESTE DEIN WISSEN

Wodurch kann die WGS-Sequenzierung die Herausforderungen der Sequenzierung (kürzere Reads + hohe Fehlerrate) lösen?

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TESTE DEIN WISSEN

Durch simultane Generierung von multiplen überlappenden Kopien der Sequenzfragmente.


-> das Zusammenfügen sich überschneidender Sequenzleseabschnitte ermöglicht dann die Erzeugung langer, genauer Sequenzfragmente

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TESTE DEIN WISSEN

Was ist ein Metagenom?

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TESTE DEIN WISSEN

Mischung verschiedener Genome, bspw. Mikrobiom

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TESTE DEIN WISSEN

Nenne 3 Schritte der WGS

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TESTE DEIN WISSEN
  1. Zufällige Fragmentierung der template DNA (= shotgun) --> enzymatisch oder mechanisch
  2. Sequenzierung der zufälligen Sequenzen
  3. Bioinformatische Assemblierung der kurzen Fragmente zu contigs
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TESTE DEIN WISSEN

Was sind Contigs?

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TESTE DEIN WISSEN

kontinuierliche Sequenz aus den sich überlappenden reads

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TESTE DEIN WISSEN

Vorteile von Pair-end reads?

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TESTE DEIN WISSEN

Neben Sequenzinfo auch strukturelle Info (Abstand der einzelnen gepaarten Reads) --> so können v.a. repetitive Bereiche besser aufgeklärt werden

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TESTE DEIN WISSEN

Wie funktioniert die Assemblierung beim WGS?

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TESTE DEIN WISSEN

Reads --> Contigs --> Scaffolds

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TESTE DEIN WISSEN

Welche Arten der Sequenzierung gibt es?

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TESTE DEIN WISSEN
  • De-novo Sequenzierung
  • Re-Sequenzierung
  • Whole-Genome Sequenzierung
  • Gezielte Genomsequenzierung (targeted Genome sequencing)
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TESTE DEIN WISSEN

Wann kommt eine De-novo Sequenzierung zur Anwendung?

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TESTE DEIN WISSEN
  • bei einem neuen Organismus, wenn keine Referenz vorhanden ist
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TESTE DEIN WISSEN

Anwendungsgebiet der Re-Sequenzierung

Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN
  • Wenn Referenz vorhanden ist, z. B. Humangenom
    • Sequenz wird der Referenz zugeordnet und damit verglichen
  • Identifikation von kleineren Abweichungen: SNPs, Insertionen, Delegationen
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TESTE DEIN WISSEN

Wie viele BP hat das menschliche Genom? Wie viele davon sind kodierend? Für wie viele Gene kodieren sie?

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TESTE DEIN WISSEN
  • 3 Mrd BP
  • 1% ist kodierend (= 30 Mio)
  • 20.000 Gene
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  • 145978 Karteikarten
  • 1632 Studierende
  • 29 Lernmaterialien

Beispielhafte Karteikarten für deinen Molekulare Prinzipien Mol.-EW und EM Kurs an der Universität Hohenheim - von Kommilitonen auf StudySmarter erstellt!

Q:

Wie viele BP hat das bakterielle Genom? Wie viele davon sind kodierend? Für wie viele Gene kodieren sie?

A:
  • 3 Mio BP
  • alle kodieren, bakterielle DNA hat keine junkDNA
  • 3.000 Gene
Q:

Welche zwei Herausforderungen gibt es häufig bei der Sequenzierung?

A:
  1. Sequenz Reads sind normalerweise kürzer als die Zielsequenz
  2. Hohe Fehlerrate (<0.1%)
Q:

Wodurch kann die WGS-Sequenzierung die Herausforderungen der Sequenzierung (kürzere Reads + hohe Fehlerrate) lösen?

A:

Durch simultane Generierung von multiplen überlappenden Kopien der Sequenzfragmente.


-> das Zusammenfügen sich überschneidender Sequenzleseabschnitte ermöglicht dann die Erzeugung langer, genauer Sequenzfragmente

Q:

Was ist ein Metagenom?

A:

Mischung verschiedener Genome, bspw. Mikrobiom

Q:

Nenne 3 Schritte der WGS

A:
  1. Zufällige Fragmentierung der template DNA (= shotgun) --> enzymatisch oder mechanisch
  2. Sequenzierung der zufälligen Sequenzen
  3. Bioinformatische Assemblierung der kurzen Fragmente zu contigs
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Q:

Was sind Contigs?

A:

kontinuierliche Sequenz aus den sich überlappenden reads

Q:

Vorteile von Pair-end reads?

A:

Neben Sequenzinfo auch strukturelle Info (Abstand der einzelnen gepaarten Reads) --> so können v.a. repetitive Bereiche besser aufgeklärt werden

Q:

Wie funktioniert die Assemblierung beim WGS?

A:

Reads --> Contigs --> Scaffolds

Q:

Welche Arten der Sequenzierung gibt es?

A:
  • De-novo Sequenzierung
  • Re-Sequenzierung
  • Whole-Genome Sequenzierung
  • Gezielte Genomsequenzierung (targeted Genome sequencing)
Q:

Wann kommt eine De-novo Sequenzierung zur Anwendung?

A:
  • bei einem neuen Organismus, wenn keine Referenz vorhanden ist
Q:

Anwendungsgebiet der Re-Sequenzierung

A:
  • Wenn Referenz vorhanden ist, z. B. Humangenom
    • Sequenz wird der Referenz zugeordnet und damit verglichen
  • Identifikation von kleineren Abweichungen: SNPs, Insertionen, Delegationen
Q:

Wie viele BP hat das menschliche Genom? Wie viele davon sind kodierend? Für wie viele Gene kodieren sie?

A:
  • 3 Mrd BP
  • 1% ist kodierend (= 30 Mio)
  • 20.000 Gene
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