Focus II at Universität Heidelberg | Flashcards & Summaries

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TESTE DEIN WISSEN
SMXL5 Info
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TESTE DEIN WISSEN
  • expressed distally to canonical stem cell markers (PXY) in the undifferentiated domain
  • PXY is facing xylem whereas SMXL5 is facing the phloem (distal)

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TESTE DEIN WISSEN
Roles of different cell cycle phases?
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TESTE DEIN WISSEN
  • S phase: specific part of interphase in which chromosomes are replicated
  • G1/G2: gap phases that are important check/control points of the cell cycle
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TESTE DEIN WISSEN
4 Subclasses of Cyclins?
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TESTE DEIN WISSEN
  • G1
  • G1/S
  • S
  • M - cyclins
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TESTE DEIN WISSEN
Explain the structure of Cdks
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TESTE DEIN WISSEN
  • Proline directed Ser/Thr kinases
  • regulated by cyclins
  • Consensus motif: S/T P X K/R
  • Activation: Thr160 phosphorylation
  • Inhibition: Thr14/Tyr15 phosphorylation
  • PSTAIRE helix interacts with cyclin
  • Helix L12 T-Loop
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TESTE DEIN WISSEN
Explain the structure of cyclins
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TESTE DEIN WISSEN
  • Cyclin fold: twin five helix bundles (common in all cyclins)
  • Cyclin box: 100 aa, most conserved part (required for Cdk binding)
  • N-terminus variable, contains Destruction box
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TESTE DEIN WISSEN
Mechanisms of Cdk regulation?
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TESTE DEIN WISSEN
  • Association with cyclins
  • Association with Cdk inhibitors
  • Inhibitory phosphorylation (Thr14, Tyr15)
  • Activating phosphorylation (Thr160)
  • Localization
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TESTE DEIN WISSEN
How long do cells need to divide?
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TESTE DEIN WISSEN
  • Rapidly dividing mammalian cells: 24h
  • yeast: 90min
  • embryonic cells: 30min or less (lack Gap phases)
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TESTE DEIN WISSEN
How does cyclin cycle?
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TESTE DEIN WISSEN
  • Interphase-mitosis: synthesis (accumulation)
  • Mitosis-Interphase: ubiquitination (degradation)
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TESTE DEIN WISSEN
Steps of ubiquitination of cyclin
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TESTE DEIN WISSEN
  • Ubiquitin attached to E1 (ATP)
  • E1 transfers ATP to E2 (no ATP)
  • E2 interacts with E3 (formation of peptide bond between  activated c-terminal glycin of Ubiquitin and  lysine side chain of target protein)
  • Additional ubis on their way!
  • Recognized by 26S proteasome -> degradation
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TESTE DEIN WISSEN
Two E3 complexes?
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TESTE DEIN WISSEN
  • SCF
  • APC/C
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TESTE DEIN WISSEN
Give details about SCF & APC/C
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TESTE DEIN WISSEN
SCF:
  • Ubiquitylates G1/S cyclins
  • Active throughout cell cycle
  • recognized phosphorylated substrates via F-box protein

APC/C:
  • Ubiquitylates M cyclins
  • requires subunits (Cdc20, Cdh1 that are cycle regulated)
  • Activity cell cycle regulated
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TESTE DEIN WISSEN
Two kinds of processes in the cell cycle?
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TESTE DEIN WISSEN
  • Continuous growth: synthesis of new ribosomes, membranes, mitochondria, …
  • Stepwise (once per cell cycle): chromosome replication, centrosome duplication
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Beispielhafte Karteikarten für deinen Focus II Kurs an der Universität Heidelberg - von Kommilitonen auf StudySmarter erstellt!

Q:
SMXL5 Info
A:
  • expressed distally to canonical stem cell markers (PXY) in the undifferentiated domain
  • PXY is facing xylem whereas SMXL5 is facing the phloem (distal)

Q:
Roles of different cell cycle phases?
A:
  • S phase: specific part of interphase in which chromosomes are replicated
  • G1/G2: gap phases that are important check/control points of the cell cycle
Q:
4 Subclasses of Cyclins?
A:
  • G1
  • G1/S
  • S
  • M - cyclins
Q:
Explain the structure of Cdks
A:
  • Proline directed Ser/Thr kinases
  • regulated by cyclins
  • Consensus motif: S/T P X K/R
  • Activation: Thr160 phosphorylation
  • Inhibition: Thr14/Tyr15 phosphorylation
  • PSTAIRE helix interacts with cyclin
  • Helix L12 T-Loop
Q:
Explain the structure of cyclins
A:
  • Cyclin fold: twin five helix bundles (common in all cyclins)
  • Cyclin box: 100 aa, most conserved part (required for Cdk binding)
  • N-terminus variable, contains Destruction box
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Q:
Mechanisms of Cdk regulation?
A:
  • Association with cyclins
  • Association with Cdk inhibitors
  • Inhibitory phosphorylation (Thr14, Tyr15)
  • Activating phosphorylation (Thr160)
  • Localization
Q:
How long do cells need to divide?
A:
  • Rapidly dividing mammalian cells: 24h
  • yeast: 90min
  • embryonic cells: 30min or less (lack Gap phases)
Q:
How does cyclin cycle?
A:
  • Interphase-mitosis: synthesis (accumulation)
  • Mitosis-Interphase: ubiquitination (degradation)
Q:
Steps of ubiquitination of cyclin
A:
  • Ubiquitin attached to E1 (ATP)
  • E1 transfers ATP to E2 (no ATP)
  • E2 interacts with E3 (formation of peptide bond between  activated c-terminal glycin of Ubiquitin and  lysine side chain of target protein)
  • Additional ubis on their way!
  • Recognized by 26S proteasome -> degradation
Q:
Two E3 complexes?
A:
  • SCF
  • APC/C
Q:
Give details about SCF & APC/C
A:
SCF:
  • Ubiquitylates G1/S cyclins
  • Active throughout cell cycle
  • recognized phosphorylated substrates via F-box protein

APC/C:
  • Ubiquitylates M cyclins
  • requires subunits (Cdc20, Cdh1 that are cycle regulated)
  • Activity cell cycle regulated
Q:
Two kinds of processes in the cell cycle?
A:
  • Continuous growth: synthesis of new ribosomes, membranes, mitochondria, …
  • Stepwise (once per cell cycle): chromosome replication, centrosome duplication
Focus II

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