Soppa at Universität Frankfurt Am Main | Flashcards & Summaries

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Lernmaterialien für Soppa an der Universität Frankfurt am Main

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TESTE DEIN WISSEN
Wie funktioniert die Numerische Taxonomie? 
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TESTE DEIN WISSEN
- Eigenschaften sammeln (Anwesenheit <-> Abwesenheit)
- Ähnlichkeitskoeffizienten für alle Artenpaare berechnen
- Ähnlichkeitsmatrix aufstellen (1= Identität, 0= keine Gemeinsamkeit)
- Dendrogramm erstellen
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TESTE DEIN WISSEN
Probleme beim Erstellen von Stammbäumen: 
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TESTE DEIN WISSEN
- Mutationen sind oft nicht unabhängig
- die Mutationsraten einzelner Stellen sind unterschiedlich 
- verschiedene Mutationen treten mit unterschiedlichen Häufigkeiten auf
- die Mutationsraten einzelner Gene sind unterschiedlich 
- die Evolutionsraten von Organismen sind unterschiedlich 
- die GC Gehalte prokaryotischer Genome sind sehr unterschiedlich
- es gibt bioinformatische Artefakte (long branch attraction)
- Sättigung von Stellen/ Genen mit Mutationen 
- es hat Genverdopplungen gegeben
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TESTE DEIN WISSEN
Was passiert beim Isotopeneffekt
Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN
Da es C12 häufiger gibt als C13, haben sich Enzyme daran angepasst, und setzten C12 Substrat schneller zu C12 Produkt um als C13 Substrat zu C13 Produkt. Diese Verhältnisverschiebung ermöglicht eine Altersbestimmung
Lösung ausblenden
TESTE DEIN WISSEN
Was sind Positiv- und Negativbeispiele beim Anwenden der klassischen Taxonomie?
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TESTE DEIN WISSEN
Positivbeispiel:
Die grampositiven Bakterien sind monophyletisch

Negativbeispiel: 
Photosynthese
Schwimmen und Chemotaxis
Nitratatmung und andere Anaerobe Atmung
Biofilmbildung
> gibt es jeweils in unterschiedlichen phylogenetischen Gruppen / ist in der jeweiligen Gruppe nicht durchgängig vorhanden
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TESTE DEIN WISSEN
Wie funktioniert die Distanzmatrixmethode?

Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN
- die Distanzen der zu vergleichenden Moleküle werden berechnet
- eine Matrix aller paarweisen Distanzen wird erstellt
- ein Baum wird berechnet, der die Vorgaben möglichst genau erfüllt
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TESTE DEIN WISSEN
Was sind Beispiele für Problemstellungen in der Entstehung des Lebens?

Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN
Wie entstehen Biomoleküle aus nichtbiologischen Vorstufen?
Wie entsteht Chiralität?
Wie entsteh Stoffwechsel de novo?
Wie entsteht Stoffwechsel, solange noch keine Zelle vorhanden ist?
Wie entsteht Vererbung?
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TESTE DEIN WISSEN
Wenn es um die Entstehung des Lebens geht, worin sind Wissenschaftler in den Verschiedenen Theorien geteilt?
Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN
autotropher - heterotropher Beginn
heißer Lebensbeginn - moderate Temperaturen
Ursuppe - im Eis - Hydrothermalquellen - im All
was zuerst? Stoffwechsel - RNA - Lipid
Lösung ausblenden
TESTE DEIN WISSEN
Genauer auf Oberflächenkatalyse eingehen
Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN
.
Lösung ausblenden
TESTE DEIN WISSEN
Funktionen von RNAs in heute lebenden Zellen?
Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN
mRNA  - Mittler zwischen Genom und Proteinen
tRNA - Adaptoren bei der Translation
rRNA - Strukturelemente der Ribosomen 
Lösung ausblenden
TESTE DEIN WISSEN
Was war Millers (1953) Experiment zur Entstehung des Lebens?
Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN
Ursuppenexperiment; Einfache Gase und Wasserdampf werden "Ur-gewitter" ausgesetzt, werden dann in ein "Urmeer" gespült und es wird geschaut, welche Moleküle sich dabei gebildet haben. 
Lösung ausblenden
TESTE DEIN WISSEN
Was sind die Hauptprobleme der Ursuppentheorie?
Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN
- extrem hohe Verdünnung, "Urmeer" ist zu groß, und Anwesenheit von Wasser macht Polymer-Bildung zu unwahrscheinlich 
- Meer ist im thermodynamischen Gleichgewicht 
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TESTE DEIN WISSEN
Ist Organismische Phylogenie bei Prokaryoten weiterhin sinnvoll?
Lösung anzeigen
TESTE DEIN WISSEN
Ist weiterhin sinnvoll
allerdings haben viele Gene eine andere Phylogenie erlebt als die Arten, in denen sie sich momentan befinden 
die Wahrscheinlichkeit lateralen Gentransfers ist für verschiedene Gene unterschiedlich, und typischerweise  für Informational Genes sehr viel niedriger als für operational genes
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Beispielhafte Karteikarten für deinen Soppa Kurs an der Universität Frankfurt am Main - von Kommilitonen auf StudySmarter erstellt!

Q:
Wie funktioniert die Numerische Taxonomie? 
A:
- Eigenschaften sammeln (Anwesenheit <-> Abwesenheit)
- Ähnlichkeitskoeffizienten für alle Artenpaare berechnen
- Ähnlichkeitsmatrix aufstellen (1= Identität, 0= keine Gemeinsamkeit)
- Dendrogramm erstellen
Q:
Probleme beim Erstellen von Stammbäumen: 
A:
- Mutationen sind oft nicht unabhängig
- die Mutationsraten einzelner Stellen sind unterschiedlich 
- verschiedene Mutationen treten mit unterschiedlichen Häufigkeiten auf
- die Mutationsraten einzelner Gene sind unterschiedlich 
- die Evolutionsraten von Organismen sind unterschiedlich 
- die GC Gehalte prokaryotischer Genome sind sehr unterschiedlich
- es gibt bioinformatische Artefakte (long branch attraction)
- Sättigung von Stellen/ Genen mit Mutationen 
- es hat Genverdopplungen gegeben
Q:
Was passiert beim Isotopeneffekt
A:
Da es C12 häufiger gibt als C13, haben sich Enzyme daran angepasst, und setzten C12 Substrat schneller zu C12 Produkt um als C13 Substrat zu C13 Produkt. Diese Verhältnisverschiebung ermöglicht eine Altersbestimmung
Q:
Was sind Positiv- und Negativbeispiele beim Anwenden der klassischen Taxonomie?
A:
Positivbeispiel:
Die grampositiven Bakterien sind monophyletisch

Negativbeispiel: 
Photosynthese
Schwimmen und Chemotaxis
Nitratatmung und andere Anaerobe Atmung
Biofilmbildung
> gibt es jeweils in unterschiedlichen phylogenetischen Gruppen / ist in der jeweiligen Gruppe nicht durchgängig vorhanden
Q:
Wie funktioniert die Distanzmatrixmethode?

A:
- die Distanzen der zu vergleichenden Moleküle werden berechnet
- eine Matrix aller paarweisen Distanzen wird erstellt
- ein Baum wird berechnet, der die Vorgaben möglichst genau erfüllt
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Q:
Was sind Beispiele für Problemstellungen in der Entstehung des Lebens?

A:
Wie entstehen Biomoleküle aus nichtbiologischen Vorstufen?
Wie entsteht Chiralität?
Wie entsteh Stoffwechsel de novo?
Wie entsteht Stoffwechsel, solange noch keine Zelle vorhanden ist?
Wie entsteht Vererbung?
Q:
Wenn es um die Entstehung des Lebens geht, worin sind Wissenschaftler in den Verschiedenen Theorien geteilt?
A:
autotropher - heterotropher Beginn
heißer Lebensbeginn - moderate Temperaturen
Ursuppe - im Eis - Hydrothermalquellen - im All
was zuerst? Stoffwechsel - RNA - Lipid
Q:
Genauer auf Oberflächenkatalyse eingehen
A:
.
Q:
Funktionen von RNAs in heute lebenden Zellen?
A:
mRNA  - Mittler zwischen Genom und Proteinen
tRNA - Adaptoren bei der Translation
rRNA - Strukturelemente der Ribosomen 
Q:
Was war Millers (1953) Experiment zur Entstehung des Lebens?
A:
Ursuppenexperiment; Einfache Gase und Wasserdampf werden "Ur-gewitter" ausgesetzt, werden dann in ein "Urmeer" gespült und es wird geschaut, welche Moleküle sich dabei gebildet haben. 
Q:
Was sind die Hauptprobleme der Ursuppentheorie?
A:
- extrem hohe Verdünnung, "Urmeer" ist zu groß, und Anwesenheit von Wasser macht Polymer-Bildung zu unwahrscheinlich 
- Meer ist im thermodynamischen Gleichgewicht 
Q:
Ist Organismische Phylogenie bei Prokaryoten weiterhin sinnvoll?
A:
Ist weiterhin sinnvoll
allerdings haben viele Gene eine andere Phylogenie erlebt als die Arten, in denen sie sich momentan befinden 
die Wahrscheinlichkeit lateralen Gentransfers ist für verschiedene Gene unterschiedlich, und typischerweise  für Informational Genes sehr viel niedriger als für operational genes
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