Fachmodul Biochemie at Universität Erlangen-Nürnberg | Flashcards & Summaries

Fachmodul Biochemie at Universität Erlangen-Nürnberg

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Erläutern Sie die induzierte basale Abwehrantwort


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Definiere Appressorium, Haustorium und rassenspezifische Resistenz

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Was bedeutet eine kompatible bzw. inkompatible Interaktion und nicht-wirtspezifische Resistenz?

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Nenne einen TypIII-Effektor und dessen Wirkung in der Pflanze

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Among the microarray normalization methods that we have described in our lessons, which was the most effective for neutralizing outliers?

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Was versteht man unter Klonieren?

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Was sind Ansatzpunkte für rationale Ertragssteigerungen?
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Qualitätskontrolle - Überprüfung von Arbeitsschritten (Transformationsplasmid)

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What are housekeeping genes (HKGs)?

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What is a statistical test?

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Among the multiple testing correction methods (MTC) we have used, which one results in less false positives and more false negatives? And which one results in more false positives and less false negatives?
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Fachmodul Biochemie

Erläutern Sie die induzierte basale Abwehrantwort


Ein Wirt erkennt das Pathogen anhand von konservierten Effektoren und induziert eine basale Abwehrantwort (PAMP triggered immunity PTI).

Fachmodul Biochemie

Definiere Appressorium, Haustorium und rassenspezifische Resistenz

Appressorium: Können durch das Generieren von hohem osmotischen Druck und die Hilfe von lytischen Enzymen in die Epidermis eindringen. Bei Pilzen und Oomyceten.

Haustorium: Ernährungsschläuche, die durch die Zellwand dringen. Sie bauen eine große Oberfläche zu der PM auf, um Nährstoffaustausch zu betreiben. Bei biotrophen und hemibiotrophen Pilzen und Oomyceten.

Rassenspezifische Resistenz: Pflanzen können wirtsspezifische Effektoren der Pathogene erkennen (direkt oder indirekt durch Resistenzgene) --> Das führt zu einer Wirtsspezifischen Resistenz

Fachmodul Biochemie

Was bedeutet eine kompatible bzw. inkompatible Interaktion und nicht-wirtspezifische Resistenz?

Kompatible Interaktionen beschreiben eine erfolgreiche Wechselwirkung des Pathogens

Inkompatible Interaktionen beschreiben eine erfolgreiche rassenspezifische Pathogenabwehr durch den Wirt (ETI)

Und nicht-Wirtsresistenz beschreibt die Summe aller unspezifischen (präformierten Abwehr) und induzierten (PTI) Mechanismen, die Pflanzen haben, um zu verhindern Wirte für bestimmte Pathogene zu sein.

Fachmodul Biochemie

Nenne einen TypIII-Effektor und dessen Wirkung in der Pflanze

AvrPto Pseudomonas syringae 

Sind oft multifunktionale Proteine, welche eukaryotische Proteine in ihrer Struktur und Funktion nachahmen. Selten besitzen sie Sequenzähnlichkeiten mit eukaryotischen Proteinen. 

Ahmen zelluläre Funktionen nach:

  • Cytoskelett remodelling
  • Proteinubiquitinierung
  • Kovalente Proteinmodifikation
  • Transkriptionsfaktoren

Sie supprimieren die Abwehr der Pflanzenzelle

Fachmodul Biochemie

Among the microarray normalization methods that we have described in our lessons, which was the most effective for neutralizing outliers?
Quantile Distribution

Fachmodul Biochemie

Was versteht man unter Klonieren?
- Ein Verfahren in dem DNA gewonnen, vervielfältigt oder verändert wird
- Gehört in molekularbiolgischen Laboratorien zum Altag
- Beruht meist auf der Verwendung von Restriktionsenzymen (Schneiden) und Ligationsenzymen (Verbinden)

Fachmodul Biochemie

Was sind Ansatzpunkte für rationale Ertragssteigerungen?
Source-Kapazität
Transport-Kapazität
Sink-Stärke

Fachmodul Biochemie

Qualitätskontrolle - Überprüfung von Arbeitsschritten (Transformationsplasmid)
Zwei Möglichkeiten um zu überprüfen ob der Transformationsplasmid auch so gsestaltet ist wie gewünscht:
- Restiktionsverdau (Testverdau)
- Sequenzierung

Fachmodul Biochemie

What are housekeeping genes (HKGs)?
- Konstitutive Gene, die für die Aufrechterhaltung der grundlegenden zellulären Funktion benötigt sind
- Sie werden in allen Zellen des Organismus unter normalen und unter gestörten Umständen exprimiert

Fachmodul Biochemie

What is a statistical test?
- Es ist eine mathematische Methode, die uns sagen kann, ob die Ergebnisse / Beziehungen, die wir beobachten, real sind oder nur zufällig sind
- Jeder Statistik ist ein p-Wert zugeordnet, der angibt, ob etwas statistisch signifikant ist.
- Wenn jemand sagt, dass der Test statistisch signifikant war, bedeutet dies, dass die Ergebnisse wahrscheinlich nicht zufällig sind

Fachmodul Biochemie

Among the multiple testing correction methods (MTC) we have used, which one results in less false positives and more false negatives? And which one results in more false positives and less false negatives?
1. Bonferroni FWER
2. Benjamini Hochberg FDR

Fachmodul Biochemie

Warum Golden Gate Klonieren?
- Modularer Aufbau —> Sehr flexibel
- Über die Zeist kann eine Vielzahl an Genbauteilen angesammelt werden (Prototor, ...) —> Soll ein neues Plasmid erstellt werden kann es in der gewünschten Kombination sehr schnell zusammengebaut werden
- Es ermöglich die Kombination mehrerer Gene, sodass ganze Synthesewege in ein einziges Plasmid kloniert werden können

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