Bioinformatik at Universität Erlangen-Nürnberg

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Was sind Orthologe?

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Was sind Paraloge?

-> wie entstanden?

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Wie verhalten sich Paraloge im Vergleich zu Orthologen?

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Was ist PAM?

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Wie wurde die PAM 250 Matrix generiert?

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Für welche Sequenzlängen eignet sich die PAM30 und die PAM70?

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Was ist die BLOSUM-Matrix?

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Wie wird eine BLOSUM 62 Matrix generiert ?

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Für was eignen sich BLOSUM 45, BLOSUM 62, BLOSUM 80 ?

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Ist Entstehung von Gaps oder AS-Austausch seltener?

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Bewertung von Gaps

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Was ist Homologie?

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Bioinformatik

Was sind Orthologe?

= homologe Sequenzen in verschiedenen Spezies mit gemeinsamer Ursprungssequenz 

Bioinformatik

Was sind Paraloge?

-> wie entstanden?

= homologe Sequenzen in einer Spezies

-> durch Genduplikation entstanden 


Bioinformatik

Wie verhalten sich Paraloge im Vergleich zu Orthologen?

Paraloge haben eine höhere Sequenzveriabilität, niedrigere Sequenzidentität und einen geringeren Selektionsdruck als Orthologe

Bioinformatik

Was ist PAM?

= akzeptierte Punktmutationen pro 100 AS

-> 20% entsprechen 250PAM

Bioinformatik

Wie wurde die PAM 250 Matrix generiert?

Durch Extrapolation der PAM1-Matrix

Bioinformatik

Für welche Sequenzlängen eignet sich die PAM30 und die PAM70?

- PAM 30 für Suche mit kurzen Sequenzen < 35 AS

- PAM70 für Suche mit längeren Sequenzen 35-50 AS

Bioinformatik

Was ist die BLOSUM-Matrix?

= paarweiser Vergleich von AS-Bereichen in Proteinen, die in strukturell konservierten Blöcken liegen 

-> keine Extrapolation 

Bioinformatik

Wie wird eine BLOSUM 62 Matrix generiert ?

durch Clustern von Sequenzen mit mehr als 62% Identität 

Bioinformatik

Für was eignen sich BLOSUM 45, BLOSUM 62, BLOSUM 80 ?

BLOSUM 45: Suche nach entfernten Homologen (20% Sequenzidentität)


BLOSUM 62: Sequenzlänge > 85


BLOSUM 80: Suche nach ähnlichen Sequenzen & Sequenzlänge 50-85

Bioinformatik

Ist Entstehung von Gaps oder AS-Austausch seltener?

Gaps sind seltener 

Bioinformatik

Bewertung von Gaps

- Gaps umfassen oft mehr als eine Position 

- treten auch zwischen homologen Proteinen auf

- neu geöffnete und erweitere Gaps werden mit unterschiedlichen Gap-Penalties bewertet 

Bioinformatik

Was ist Homologie?

= Maß für evolutionäre Verwandtschaft von Sequenzen 

-> hat nicht umbedingt was mit Identität/ Ähnlichkeit zu tun

-> hohe Sequenzidentität ist ein Indiz für Homologie 

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