Chemiesoftware und Datenbanken at TU München

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Exemplary flashcards for Chemiesoftware und Datenbanken at the TU München on StudySmarter:

Welche Moleküle sind in der Periodic Box anwesend?

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Worin liegt hinsichtlich der molekularen Wechselwirkungsmöglichkeiten der wesentliche Unterschied zwischen einer Strukturberechnung mit und ohne Periodic Box?

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Erläutern Sie die Aussage: 

Der Wahl des Zeitinkrement Δt bei den newtonschen Bewegungsgleichungen  kommt entscheidende Bedeutung zu.

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Zu was dienen die Newtonschen Bewegungsgleichungen ?

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Was zeigt die Boltzmann-Gleichung ?

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Nennen Sie min. 1 Datenbank welche Sekundärliteratur beinhaltet ?

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In welcher Datenbank findet man Primärliteratur ?

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Was beschreibt die Potentialhyperfläche ?

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Erläutern Sie kurz die 3 Varianten um die Ladungen qi und qj zu erhalten

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Durch welche 3 Methoden lassen sich die Ladungen qi und qj ableiten oder berechnen ?

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Nennen Sie die Vor- und Nachteile der NMR- Spektroskopie 

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Wie wird vermieden, dass die Moleküle an den Randflächen der Box in das Vakuum abdiffundieren?

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Exemplary flashcards for Chemiesoftware und Datenbanken at the TU München on StudySmarter:

Chemiesoftware und Datenbanken

Welche Moleküle sind in der Periodic Box anwesend?

Das oder die zu untersuchenden Moleküle
Lösungsmittelmoleküle (Wasser)

Chemiesoftware und Datenbanken

Worin liegt hinsichtlich der molekularen Wechselwirkungsmöglichkeiten der wesentliche Unterschied zwischen einer Strukturberechnung mit und ohne Periodic Box?

Ohne Periodic Box gibt es nur WW im selben Molekül (Ensemble)
Mit Periodic Box gibt es auch WW zum Lösungsmittel (Wasser) und zu Nachbarmolekülen

Chemiesoftware und Datenbanken

Erläutern Sie die Aussage: 

Der Wahl des Zeitinkrement Δt bei den newtonschen Bewegungsgleichungen  kommt entscheidende Bedeutung zu.

– Zu große Zeitinkremente bilden die Trajektorien der Teilchen zu ungenau ab und führen demzufolge zu instabilität der Rechnungen aufgrund unnatürlich großer Annäherungen.
– zu kleine Zeitinkremente führen zu realistischen Trajektorien, vergößern allerdings die benötigte Rechenzeit.

–> wichig ist es also ein gutes Mittelmaß zu finden

Chemiesoftware und Datenbanken

Zu was dienen die Newtonschen Bewegungsgleichungen ?

Sie dienen der Berechnung von Ortskoordinaten und der Geschwindigkeit der Atome bei ihrer Bewegung auf der Potentialhyperfläche

Chemiesoftware und Datenbanken

Was zeigt die Boltzmann-Gleichung ?

Die M.-Boltzmann Gleichung zeigt die Verknüpfung der mittleren kinetischen Energie der Teilchen des Ensembles,mit der Temperatur des Ensembles.

Chemiesoftware und Datenbanken

Nennen Sie min. 1 Datenbank welche Sekundärliteratur beinhaltet ?

Chemical Abstract CAS
Web of Science
Medline
PubMed

Chemiesoftware und Datenbanken

In welcher Datenbank findet man Primärliteratur ?

Elektronische Zeitschriftenbibliothek – EZB

Chemiesoftware und Datenbanken

Was beschreibt die Potentialhyperfläche ?

Sie beschreibt die potentielle Energie eines quantenmechanischen Systems von Atomen in Abhängigkeit von der Geometrie

Chemiesoftware und Datenbanken

Erläutern Sie kurz die 3 Varianten um die Ladungen qi und qj zu erhalten

1. Ameinfachsten können sie Tabellen entnommen werden. Hierzu muss jedes Atom gesucht werden und jeweils die Ladung der ähnlichsten Atomtypen übernommen werden
2. Empirische Berechnungen sind eine einfachere Variante aber in manchen Fällen nur mäßig genau
3. Wesentlich genauer aber zeitlich sehr aufwendig sind quantenmechanische Berechnungen, bei welchen das Ergebnis von der räumlichen Atomanordnung abhängt

Chemiesoftware und Datenbanken

Durch welche 3 Methoden lassen sich die Ladungen qi und qj ableiten oder berechnen ?

1. Durch das Ablesen aus Tabellen
2. Durch empirische Berechnungen
3. Durch quantenmechanische Berechnungen

Chemiesoftware und Datenbanken

Nennen Sie die Vor- und Nachteile der NMR- Spektroskopie 

+ Aufklärung der Struktur und Dynamik von Molekülen sowie Konzentrationsbestimmung
+ Auch H-Atome sind sichtbar
+ Proteine sind beim Arbeiten beobachbar
+ Keine Kristalle werden benötigt und dadurch bessere Bestimmung
+ Beobachtungen in Lösung möglich

– Es sinf nur Isotobe benutzbar welche einen von Null unterschiedlichen Kernspinn haben
– sehr aufwendig Proteinstrukturen zu erforschen
– extrem starkes Magnetfeld –> gefährlich

Chemiesoftware und Datenbanken

Wie wird vermieden, dass die Moleküle an den Randflächen der Box in das Vakuum abdiffundieren?

Jede Randfläche der Box ist topologisch mit der jeweils in der Box gegenüberliegenden Randfläche verknüpft.
–> Die Moleküle wander durch die Randfläche und treten durch die andere gegenüberliegende Randfläche wieder in die Box ein

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