Computer Lab at Johannes Kepler Universität Linz | Flashcards & Summaries

Lernmaterialien für Computer Lab an der Johannes Kepler Universität Linz

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TESTE DEIN WISSEN

BLAST

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BLAST is a nice tool to compare biological sequences and to find regions of
identity or similarit

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TESTE DEIN WISSEN

Pairwise alignment:

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TESTE DEIN WISSEN

process of lining up two sequences to achieve maximal levels of identity

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Database alignments:

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input sequence is aligned to similar sequences of an entire database

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Homologs 

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are related genes that descended from a common ancestral
gene.


 Two genes can be separated by the event of speciation (see
ortholog) or gene duplication (see paralog).

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Paralogs

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are related genes in the same species that have been separated
by a duplication
event within a genome. Paralogs mostly evolve new
functions.

are related genes in the same species that have been separated by a duplication event within a genome. Paralogs mostly evolve new functions.

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Orthologs

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are related genes in different species that evolved from a common ancestral gene by speciation. Normally, orthologs retain the same function in the course of evolution.

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BLOSUM

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stands for blocks substitution matrix.

are based on LOCAL alignments.

The higher – the better !

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  • PAM matrices
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are based on GLOBAL alignments.

stands for point accepted mutation.

The lower – the better !

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UniProtKB

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analysis of proteins

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TESTE DEIN WISSEN

ExPASy - Prot Param

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Analyzation of proteins, physical and chemical parameters (ex.: molecular weight, amino acid composition, atomic composition, extinction coefficients)

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PDB-JSmol

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protein data bank

- substructures

- mutants

- Resolution, E-value

- stoichiometry

- information about literature

- general information

- modifications

- informations about ligands that are present in the structure 

- information about experimental data

- 3D View

- measurement of the distance  between molecules  

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VarMap

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DNA to protein mapping

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Q:

BLAST

A:

BLAST is a nice tool to compare biological sequences and to find regions of
identity or similarit

Q:

Pairwise alignment:

A:

process of lining up two sequences to achieve maximal levels of identity

Q:

Database alignments:

A:

input sequence is aligned to similar sequences of an entire database

Q:

Homologs 

A:

are related genes that descended from a common ancestral
gene.


 Two genes can be separated by the event of speciation (see
ortholog) or gene duplication (see paralog).

Q:

Paralogs

A:

are related genes in the same species that have been separated
by a duplication
event within a genome. Paralogs mostly evolve new
functions.

are related genes in the same species that have been separated by a duplication event within a genome. Paralogs mostly evolve new functions.

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Q:

Orthologs

A:

are related genes in different species that evolved from a common ancestral gene by speciation. Normally, orthologs retain the same function in the course of evolution.

Q:

BLOSUM

A:

stands for blocks substitution matrix.

are based on LOCAL alignments.

The higher – the better !

Q:
  • PAM matrices
A:

are based on GLOBAL alignments.

stands for point accepted mutation.

The lower – the better !

Q:

UniProtKB

A:

analysis of proteins

Q:

ExPASy - Prot Param

A:

Analyzation of proteins, physical and chemical parameters (ex.: molecular weight, amino acid composition, atomic composition, extinction coefficients)

Q:

PDB-JSmol

A:

protein data bank

- substructures

- mutants

- Resolution, E-value

- stoichiometry

- information about literature

- general information

- modifications

- informations about ligands that are present in the structure 

- information about experimental data

- 3D View

- measurement of the distance  between molecules  

Q:

VarMap

A:

DNA to protein mapping

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